En estas iglesias aparecen los mismos elementos que en las básilicas: nave principal,  naves laterales, la exedra, que pasa de forma geométrica a forma funcional llamándose ábside. 

Se resalta la longitud de las edificaciones con el repetido uso de columnas en el interior y una altura relativamente baja; eran construcciones austeras.

Cuenta con un aporticamiento que encierra una plaza central donde se venera la Kaaba, allí se encuentra la piedra sagrada que según la creencia islámica está negra por los pecados de la humanidad.

Su morfología da origen a las mezquitas hipóstilas o de pórticos múltiples, según la clasificación de Chueca Goitia.

Sus grandes novedades se aprecian en el interior y en la forma de la planta: su crucero se cierra con una cúpula no trasdosada, y con bóvedas de cañón en los laterales.

Tanto las paredes como la cúpula están decoradas con ricos mosaicos, la decoración (basada en motivos cristianos) posee un importante simbolismo, presentando temas vegetales (evocando al paraíso) combinados con decoración geométrica y figurativa

Comparado con las grandes mezquitas el diseño es austero. Las columnas y los arcos son blanco llano; los pisos se cubren en las esteras de lámina, alfombras no lush. Con todo el bosque aparentemente sin fin de arcos crea un sentido de la majestad infinita y del aislamiento íntima, mientras que la simplicidad del diseño felicita los lugares finalmente adornados, púlpito y patio externo, con sus azulejos y pinturas magníficos.

Uno de sus sultanes doto a la Universidad al Karaouine de una biblioteca con un contenido muy rico que en 1613 llegó a superar la cantidad de 320.000 obras y manuscritos. Fue entonces cuando estudiantes y sabios comenzaron a desplazarse hasta Fez, convertida en capital de la ciencia y el conocimiento del Magreb.