https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h en-us 2023-09-15 06:12:28 UTC 2023-09-18 05:05:05 UTC hello@padlet.com https://images.unsplash.com/photo-1599493758596-fe2b083e3f0f?crop=entropy&cs=srgb&fm=jpg&ixid=M3w3ODI2fDB8MXxzZWFyY2h8Mnx8cGNyfGVzfDF8fHx8MTY5NDc1ODQ3NHww&ixlib=rb-4.0.3&q=85 adrianadelacruz9427 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706587863 La deteccion de productos de PCR se puede realizar de distintas formas, está técnica de criterio de valoración se incluye la electroforesis en gel y la tinción con tintes específicos del ADN, es una técnica simple pero efectiva para visualizar rápidamente que se produjo un amplicón y que tiene el tamaño esperado. Si esta aplicación requiere un tamaño exacto del producto de nucleótido, se puede utilizar la electroforesis capilar en su lugar.]]> 2023-09-16 04:49:42 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706587863 adrianadelacruz9427 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706590700 La hibridación de productos de PCR con micromatrices o matrices de perlas de suspensión se puede utilizar para detectar amplicones específicos cuando más de una secuencia de producto pueda surgir en dicho ensayo]]> 2023-09-16 05:00:14 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706590700 adrianadelacruz9427 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706591302 Las metodologías de PCR en tiempo real emplean alguna forma para detectar directamente la producción en curso de amplicones en el recipiente de reacción, comúnmente en el monitoreo de un cambio de fluorescencia directo o indirecto relacionado con la producción de amplicones.]]> 2023-09-16 05:02:39 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706591302 adrianadelacruz9427 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706592875 Los métodos en tiempo real son enfoques eficaces de cuantificación de plantillas, como resultado estos métodos a menudo se denominan métodos de PCR cuantitativa (qPCR)]]> 2023-09-16 05:08:56 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706592875 adrianadelacruz9427 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706601388 El método sencillo para la detección por PCR en tiempo real es con el uso de colorantes que se unen selectivamente y se vuelven fluorescentes en presencia de ADN bicatenario, como el verde SYBR. 

]]> 2023-09-16 05:40:17 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706601388 adrianadelacruz9427 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706601637 El instrumento en tiempo real monitorea la fluorescencia en cada tubo de reacción durante estos pasos térmicos de cada ciclo y calcula el cambio en la fluorescencia por ciclo para generar una curva de amplificación. Se utiliza un valor umbral de corte colocado aproximadamente en el rango medio de la fase exponencial de esta curva para calcular la Cy de cada muestra y se puede utilizar para la cuantificación si hay controles adecuados.]]> 2023-09-16 05:41:27 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706601637 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706620893 La PCR multiple es particularmente util en aplicaciones forenses y situaciones de diagnostico medico pero de igual forma por el nivel de uso tiene una perdida de sensibilidad para cada PCR debido a la competencia entre polimerasa y los nucleotidos limitados]]> 2023-09-16 06:46:54 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706620893 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706621654 Para el interes de los estudiantes debemos de tener en mente que tiene muchas aplicaciones y este tema es muy extenso como podemos abarcar desde la perspectiva fisiologica, pero se necesita una polimerasa termoestable ]]> 2023-09-16 06:49:11 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706621654 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706624112 Identificadas en microorganismos como las bacterianas, que originalmente son extremofilas por un ejemplo los que viven por las aguas termales, pero como indica el articulo es  el descubrimiento critico donde su procedencia nos podria sorprender ]]> 2023-09-16 06:56:44 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706624112 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706624771 2023-09-16 06:58:13 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706624771 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706626722 2023-09-16 07:01:06 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2706626722 miguelgonzalez3889 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707090127 Muy pocas personas habían realizado la reacción en cadena de la polimerasa hasta la llegada de la nueva tecnología por Kary Mullis en 1983]]> 2023-09-17 00:52:55 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707090127 miguelgonzalez3889 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707090707 Los ADN polimerasa requieren una cadena plantilla con un cebador hibridado que contiene un hidróxido para comenzar la extensión de la cadena  ]]> 2023-09-17 00:55:45 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707090707 miguelgonzalez3889 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707091226 Esto se va a dar se encuentra en la forma de la una molécula de ARN corta proporcionada por el ADN primasa también puede presentarse en forma de una molécula sintética corta de una sola cadena ]]> 2023-09-17 00:57:56 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707091226 miguelgonzalez3889 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707091721 El calentamiento de la secuencia de interés” molécula  plantilla”  hasta cerca de 100 °C en un tapón apropiado provoca la desnaturalización térmica cuando las cebras plantillas se separan entre sí. ]]> 2023-09-17 01:00:09 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707091721 miguelgonzalez3889 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707092265 El enfriamiento rápido hasta la temperatura de hibridación del par de plantilla del cebador y un gran exceso molar del Salvador sintético y cinéticamente activo garantiza que la molécula de cebador encuentre y se acomoda apropiadamente su secuencia objetivo más rápidamente que la cadena opuesta original]]> 2023-09-17 01:02:38 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707092265 miguelgonzalez3889 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707092625 En general esta extensión ocurre hasta que la polimerasa sea expulsada de la plantilla o llega al extremo de la molécula plantilla y se quede sin plantilla para copiar. ]]> 2023-09-17 01:04:14 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707092625 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707130832 Un problema potencial con este enfoque es que los colorantes indicadores no son específicos de secuencia, por lo que cualquier producto espurio producido por la reacción puede da falsos positivos ]]> 2023-09-17 03:28:27 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707130832 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707133042 mediante la realización de un análisis del punto de fusión al final del termo ciclado regular, la reacción se enfría hasta la temperatura de recocido y luego la temperatura se eleva lentamente mientras se controla constantemente la fluorescencia]]> 2023-09-17 03:36:05 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707133042 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707134163 los amplicones específicos tendrán un punto de fusión característico en el que se pierde la fluorescencia, mientras que los amplicones no específicos demostraran una amplia gama de puntos de fusión lo que hace una perdida de fluorescencia ]]> 2023-09-17 03:40:32 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707134163 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707135542 varios enfoques alternativos utilizan indicadores de fluorescencia basados en sondas, que evitan esta posible señal  inespecifica. Los enfoques basados en sondas funcionan mediante la amplicacion de un proceso llamado transferencia de energia resonante de fluorescencia (FRET).
Basicamente ocurre cuando dos fluoroforos estan muy cerca y la longitud de onda de emision de uno( el reportero) coincide con la longitud de onda de excitación del otro (el extintor)]]> 2023-09-17 03:44:29 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707135542 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707139039 Los fotones emitidos en la longitud de onda de emision del tinte indicador son capturados efectivamente por el tinte extintor cercano y reemitidos en la longitud de onda de emision del extintor. En la forma mas simple de este enfoque, en la reaccion del ensayo se incluye dos sondas oligonucleotidicas cortas son similidad]]> 2023-09-17 03:56:16 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707139039 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707142395 En cada paso de la hibridación se forma un producto de PCR especifico en cada paso de hibridacion, estas dos sondas pueden hibridarsae con el producto monocatenario y por lo tanto coloca las moleculas indicadora y extintor una de la otra]]> 2023-09-17 04:07:05 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707142395 miguelfierros9428 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707184232 2023-09-17 06:23:35 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707184232 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707509999 El diseño de los cebadores debe tener en cuenta aspectos como las estructuras secundarias del ADN, la unicidad de la secuencia y la similitud de Tm entre los cebadores.]]> 2023-09-17 16:27:21 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707509999 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707512283 El uso de una polimerasa termoestable (es decir, que no se inactive con las altas temperaturas utilizadas en los pasos de desnaturalización) es un concepto esencial identificado por Mullis y colaboradores. ]]> 2023-09-17 16:30:36 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707512283 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707518793 Sin embargo, dentro de esta restricción, se pueden explotar diferentes fuentes de enzimas con distintas propiedades:
° Actividades de exonucleasa para una mayor precisión.
° La composición del tampón (incluyendo agentes como DMSO para ayudar a reducir las barreras estructurales secundarias para una amplificación eficaz.
° La inclusión de cationes divalentes como el Mg en concentración suficiente para que no se agoten por quelación a los nucleótidos.]]> 2023-09-17 16:39:52 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707518793 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707523167 En general, el proceso de PCR funciona mejor cuando los cebadores se encuentran a poca distancia unos de otros (de 100 a 500 pares de bases), pero las reacciones bien optimizadas han tenido éxito a distancias de decenas de kilobases.]]> 2023-09-17 16:45:44 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707523167 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707524879 Se pueden emplear técnicas de "arranque en caliente", a menudo mediante la modificación covalente de la polimerasa, para garantizar que no se produzca un recocido y una extensión inadecuados de los cebadores antes del primer paso de desnaturalización, evitando así la producción de productos incorrectos.]]> 2023-09-17 16:48:23 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707524879 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707531013 En general, alrededor de 40 ciclos térmicos marcan un límite efectivo para una reacción de PCR con buena cinética en presencia de un molde adecuado, ya que el agotamiento de los dNTP en los amplicones se produce efectivamente alrededor de este punto y se produce una "fase de meseta" en la que no se produce más producto.]]> 2023-09-17 16:57:20 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707531013 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707543463 Por el contrario, si la reacción no contiene el molde adecuado, procede más allá de 40 ciclos aumenta principalmente la probabilidad de obtener productos raros e incorrectos.

]]> 2023-09-17 17:15:46 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707543463 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707560645 Combinar la PCR con un paso preliminar de transcripción inversa (ya sea con cebadores aleatorios o utilizando uno de los cebadores de la PCR para dirigir la actividad de la ADN polimerasa dependiente de ARN [transcriptasa inversa]) permite convertir las plantillas de ARN en ADNc y someterlas después a una PCR normal, en una variante conocida como PCR de transcripción inversa (RT-PCR). En general, en la discusión posterior se utiliza el término PCR para referirse tanto a la PCR como a la RT-PCR.]]> 2023-09-17 17:41:50 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707560645 miguelfierros9428 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707569047 La simple aparición o no aparición de un amplicón(Fig.1) en una reacción adecuadamente controlada puede tomarse como evidencia de la presencia o ausencia, respectivamente, de la plantilla de diana del ensayo. Esto lleva a aplicaciones médicas como la detección de enfermedades infecciosas de enfermedades infecciosas con sensibilidades, especificidades y velocidades métodos alternativos]]> 2023-09-17 17:54:35 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707569047 adrianadelacruz9427 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707617137 La producción de un producto de PCR durante el termociclado conduce a un aumento exponencial en la cantidad de cadenas bicatenarias, producto presente en las etapas térmicas de recocido y extensión de cada ciclo.]]> 2023-09-17 19:07:28 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707617137 miguelfierros9428 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707618301 han utilizado la PCR para amplificar el ADN de muestras bien conservadas, como insectos encerrados en ámbar de millones de años de antigüedad, con su posterior secuenciación y análisis filogenético, obteniendo resultados fascinantes sobre la continuidad y evolución de la vida en la Tierra. ]]> 2023-09-17 19:09:31 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707618301 miguelfierros9428 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707620918  Los métodos cuantitativos en tiempo real tienen aplicaciones en medicina (p. ej., control de la carga viral en pacientes trasplantados), investigación (p. ej., examen de la activación transcripcional de un gen diana específico en una sola célula) o control medioambiental (p. ej., control de calidad de la purificación del agua).]]> 2023-09-17 19:14:02 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707620918 miguelfierros9428 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707622751 en general, las reacciones de PCR se ejecutan con valores T cuidadosamente optimizados que maximizan la sensibilidad y la cinética de amplificación. La reducción de la T de una reacción de PCR -en efecto, relajando reacción y permitir que los cebadores se adhieran a parejas de hibridación tiene también aplicaciones útiles, como la búsqueda en una muestra de una secuencia desconocida sospechosa de ser similar a una conocida. Esta técnica se ha empleado con éxito para el descubrimiento de nuevas especies de virus, cuando se emplean cebadores que coinciden con una especie de virus similar.]]> 2023-09-17 19:17:08 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707622751 miguelfierros9428 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707640205 durante una clonación dirigida por PCR de un gen o región de interés, pueden utilizarse desajustes planificados en la secuencia del cebador y T s ligeramente reducidas para introducir mutaciones deseadas en un proceso denominado mutagénesis dirigida por sitio. ]]> 2023-09-17 19:47:11 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707640205 miguelfierros9428 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707642397 pueden ser indicativos directos de genotipos particulares o servir como marcadores ligados sustitutos de dianas genéticas cercanas de interés, mediante el diseño de cebadores de PCR con un nucleótido 3′ terminal específico para el polimorfismo esperado. ]]> 2023-09-17 19:51:01 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707642397 miguelfierros9428 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707643405 En el T óptimo, este nucleótido crucial final sólo puede hibridarse y proporcionar un hidroxilo 3′ a la polimerasa en espera si se produce el polimorfismo de nucleótido único coincidente.]]> 2023-09-17 19:52:58 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2707643405 miguelgonzalez3889 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2708116177 El ingenio de la PCR surge de un segundo cebador cercano a la polaridad opuesta (complemento de la hebra opuesta a la que se une el primer cebador) y de someter la mezcla de molde, dos cebadores.]]> 2023-09-18 04:51:39 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2708116177 miguelgonzalez3889 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2708120463 Consideremos sólo el primer ciclo del proceso: La desnaturalización y el recocido.
Si se deja que la polimerasa se extienda durante un corto período de tiempo, cada uno de los cebadores se extenderá hacia fuera y más allá de la ubicación del otro, creando así un nuevo sitio de recocido complementario para el cebador opuesto. 
Si se eleva de nuevo la temperatura hasta la desnaturalización, se para el proceso de elongación de los cebadores y se desplazan las polimerasas y las hebras recién creadas.]]> 2023-09-18 04:55:13 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2708120463 miguelgonzalez3889 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2708124542 Cuando se enfría de nuevo a la temperatura de recocido, cada una de las hebras cortas de ADN recién formadas sirve como sitio de recocido para su cebador de polaridad opuesta. Los cebadores se extienden sólo hasta donde llega el molde, es decir, hasta el extremo 5′ de la secuencia del cebador opuesto.]]> 2023-09-18 04:58:29 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2708124542 miguelgonzalez3889 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2708127607 La repetición de los pasos térmicos de desnaturalización, recocido y extensión del cebador conduce a un aumento exponencial, lo que permite niveles fenomenales de "amplificación de la secuencia".]]> 2023-09-18 05:00:48 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2708127607 miguelgonzalez3889 https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2708132348 Estudios demuestran que estos productos se acumulan de forma lineal y rápidamente se ven superados en número por el producto definido cebador a cebador (amplicón). De hecho, en 40 ciclos térmicos de una reacción de PCR, una única molécula de ADN molde genera aproximadamente 10 amplicones, más que suficientes para pasar de un blanco invisible a algo mucho mas claramente visible.]]> 2023-09-18 05:04:25 UTC https://padlet.com/miguelfierros9428/7m19tyo4jpf4817h/wish/2708132348