En consecuencia, se dan dos gobiernos paralelos. El liberal encabezado por Benito Juárez que en su calidad de presidente de la Suprema Corte debía ocupar el Ejecutivo en caso de que el presidente se ausentara,secundado por Melchor Ocampo, Santos Degollado, Guillermo Prieto, Manuel Doblado y José María Arteaga;y el otro presidido por Félix Zuloaga, a quien una junta de representantes había electo presidente, secundado por Miguel Miramón y Tomás Mejía. El primero defendería el orden constitucional, mientras el segundo se encaminaría a su destrucción. Juárez estableció su gobierno, en un primer momento, en Guanajuato, mientras Zuloaga en la capital gobernaba con las llamadas Cinco Leyes, que de hecho derogaban algunas de las reformas liberales como la Ley Lerdo, la Ley Iglesias y la Ley Juárez entre otras. Las diversas entidades del país tomarían una posición y defenderían a uno de estos dos gobiernos.