Los pilares de separación de naves son cilíndricos con ocho semicolumnas adosadas con el fin de recoger los arcos fajones, perpiaños y cruceros. Las bóvedas de dichas naves son de crucería cuatripartita.

Aunque en la girola y el transepto se respetó los tres pisos de alzado del gótico clásico francés: arcos, triforio y claristorio, a partir del cuerpo principal de las naves, se suprime el triforio, probablemente para agrandar los enormes ventanales del claristorio.

A pesar de que la catedral de Toledo es el edifico gótico más grande iniciada en el siglo XIII en la Península y tener precedentes franceses en muchas de sus soluciones, no deja de notarse cierta horizontalidad más propio de la tradición española.

Este hecho se aprecia perfectamente en la menor altura de la nave principal con relación a otras catedrales contemporáneas y a la mencionada supresión del triforio en la nave principal que le habría prestado mayor altura y esbeltez. Ello no es óbice para que, quien dé un tranquilo paseo po la catedral primada toledana, pueda empaparse de la gran perfección con que está construida y saborearla como una de las obras maestras del gótico en España.
Las naves son de distinta amplitud y diferente altura. Las dos de los extremos son mas anchas y en cambio son de menor altura que las intermedias. Se trata de una anomalía gótica, que se explica por la intención de cubrir todo el espacio que ocupaba la antigua mezquita musulmana. En principio la catedral se diseñó como un templo de tres naves, la central mas ancha y alta que las laterales, pero más tarde se replanteó el diseño para que el espacio de la Catedral ocupara todo el espacio de la mezquita, por lo que se decidió la construcción de dos naves mas (las de los extremos) haciéndolas mas anchas y de menor altura que las intermedias. (Fernando Chueca Goitia) 
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En el interior, la capilla mayor es uno de los lugares de la Catedral que alberga más obras de arte. Cerrada originalmente por una rejería tallada en piedra, de la que aún se conserva una parte, atesora un gran número de estatuas. En los dos pilares que dan acceso a la capilla contemplamos, a la izquierda, al legendario pastor Martín Alhaja, que dió información muy relevante para ganar la batalla de las Navas de Tolosa. En la derecha, el Alfaquí, retrato de Abu Walid, musulmán que llevó un mensaje de tolerancia a Alfonso VI, apostando por la convivencia de árabes y cristianos.

La capilla mozárabe tiene especial interés por haber sido designada por el cardenal Cisneros para restaurar el rito mozárabe en Toledo. Esta forma de celebrar la misa se había conservado entre los cristianos que vivieron en territorio musulmán, desde la dominación visigoda. La cúpula de la capilla es obra del hijo de El Greco, Jorge Manuel Theotocópuli, el altar de bronce y mármol de varios colores, de Juan Manzano, y la rejería gótica de Juan Francés, de 1524.

La capilla de los Reyes Nuevos, hoy sin culto, forma una pequeña iglesia, cuyo vestíbulo es del arquitecto Alonso de Covarrubias. Llamada así en honor de la nueva dinastía Trastámara reinante en Castilla, alberga numerosos sepulcros de sus reyes, con interesantes tallas.

Entre las capillas de la girola, destaca el acceso a la Sala Capitular, con rica ornamentación plateresca, y los retratos de todos los arzobispos toledanos. Sobre ellos, uno de los grandes conjuntos de pintura al fresco española, obra de Juan de Borgoña.

PINTURA

Es excelente la colección conservada en la Sacristía, que cuenta con El Expolio y el Apostolado de El Greco, cuadros de Caravaggio, Ticiano, Van Dyck, Goya, Morales, Rubens, Bassano y muchos más. Cabe mencionar aparte a Juan de Borgoña y a Lucas Giordano, ya que sus pinturas más destacadas son los frescos que revisten las paredes de la Sala Capitular, en el caso del primero, y el techo de la Sacristía, del segundo.

VIDRIERAS, TRANSPARENTE Y TESORO

La Catedral Primada de Toledo alberga el mayor número de vidrieras medievales conservadas, como las del rosetón del crucero, las de la capilla mayor y las de grandes figuras de santos y apóstoles en el lado este.

El llamado Transparente es la gran obra maestra del escultor Narciso Tomé, finalizada en 1732, y realizada en mármoles genoveses, jaspe y bronces. Concebido como un retablo, e iluminado por los tragaluces del ábside, presenta numerosas figuras y composiciones representando pasajes de la Biblia.

Otro tipo de arte muy presente es la orfebrería. El tesoro guarda en múltiples vitrinas relicarios, báculos, ropas y objetos litúrgicos entre los que destacan algunos de gran valor histórico. Pero sin duda, lo más espectacular, se expone en el tesoro catedralicio: la imponente Custodia de Enrique de Arfe, compuesta de incontables piezas a modo de encaje de filigranas góticas de plata bañadas en oro; el precioso estuche para el verdadero ostensorio de la Forma Sagrada, una “custodia pequeña” de oro puro, elaborada con el primer oro que Cristóbal Colón trajo de América y perteneciente a los Reyes Católicos. Una vez al año, la Custodia de Arfe sale a las calles de la ciudad para la exaltación de la fe durante la secular procesión del Corpus Christi.

ESCULTURA

El rico repertorio escultórico presente en cada rincón tiene funciones doctrinales y didácticas, además de las artísticas. El coro al exterior muestra numerosas escenas del antiguo testamento, y la Capilla Mayor del Nuevo.

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