En la cabecera, un deambulatorio rodea al altar mayor con la finalidad de facilitar el acceso de fieles y peregrinos a las capillas radiales, por una parte, y a las reliquias que se conservan en el mausoleo subterráneo, por otra.

Muchas de las capillas de la planta románica original se unieron o se reformaron a lo largo de los siglos, hasta llegar a los 16 actuales. A ellas se añaden la cripta apostólica, la cripta del Pórtico de la Gloria y una parroquia independiente, la Corticela, que es la capilla más antigua de todas las existentes, del s. IX. Conserva su portada románica con columnas de fuste liso y capiteles con decoración vegetal, al igual que la triple arquivolta, en el tímpano relieve con la Adoración de los Reyes Magos.