Al menos tres de ellos sobrevivieron al viaje, llamados Juan de Pegu, al que se le pagaron 15.000 maravedís, Francisco, que murió en Sevilla y la Casa de Contratación pagó su entierro, y Manuel.

En este documento vemos los nombres de otros cinco, y del clavo de su propiedad que embarcaron a bordo. Se llamaban Tuan Ponçon, Tuan Bodiman, Peze Culao, Cape, y Alí, todos ellos referidos como moros tomados de buena guerra en el junco 

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18 de octubre 1520- 6 de marzo 1521
Tras tres días de la partida desde el Puerto de Santa Cruz, se acerca una tormenta de 36 horas que los aleja al fondo de la bahía, los barcos se separaron y al reunirse, uno de ellos encontró la ruta. 
La expedición resulta complicada y Magallanes envía a una de las embarcaciones de vuelta a España para reportar el nuevo descubrimiento, cuando regresan al punto de encuentro no se encontraron a nadie allí.
Pocos años después, deciden hacer otra expedición, solo quedan 3 naos que pasarán días buscando las embarcaciones y les dejarían señales por si estaban perdidas.
Después de la travesía del estrecho desembocan en el pacífico para ganar latitudes. En mitad del océano, solo encuentran dos islotes, sin saber que se encontraban en oriente. Los tripulantes se encuentran escasos de alimento y agua por lo que mueren.
Por fin el 6 de marzo de 1521 encuentran Las islas de los Ladrones (islas Marianas del Norte), que se encuentran muy pobladas y los isleños acuden en canoas a los naos y les roban todas las embarcaciones.
De ahí dicho nombre.

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Magallanes traía un esclavo malayo entre la tripulación para hacer de intérprete cuando llegaran a la zona de Las Molucas, capturado en los viajes previos de los portugueses. En esta isla, Enrique, que así se llamaba, entiende bastante bien el idioma local, lo cual anima a los expedicionarios porque eso quiere decir que están cerca y, lo más importante, queda confirmada la redondez de la Tierra.

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Sin embargo, después de atravesar medio mundo para que llegara este momento, el intérprete aprovechó poco porque con el deseo que él llevaba, y con el buen aparejo que en la tierra y en los naturales de ella halló, se emborrachó con el vino que le dieron (Ginés de Mafra).

Continúan el viaje costeando hacia el Sur, hasta que entran en el Río de la Plata. A este lugar había llegado tan solo 3 años antes Juan Díaz de Solís, con una expedición que también tenía la misión de encontrar un paso al otro lado de América, pero aquí los indios asesinaron, descuartizaron, asaron y devoraron al propio Solís y a otros de sus compañeros, retornando a España el resto. Magallanes alberga la esperanza de haber encontrado el ansiado paso, de modo que exploran concienzudamente el Río de la Plata e incluso el río Uruguay durante un total de 22 días.

Cuando por fin Magallanes decide salir, al parecer encuentran muy malas condiciones meteorológicas y vuelve a parar durante otros 53 días, esta vez en Puerto de Santa Cruz, donde la pesca es mucho más abundante.

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Cuando ya iban a llegar a su destino los vientos alisios hicieron aún más complicada la travesía puesto que iban en un barco de vela y el viento no ayudaba para nada.

Gracias a que en el siglo XV los portugueses descubrieron una ruta para pasar, por lo que pudieron seguir con su camino.

Atravesaron el archipiélago de las Azores que es una travesía de 55 días, pero en agosto contaron con otro contratiempo ya que el viento no les permitía proseguir con su travesía y pasaron una semana sin poder navegar y aunque estaban muy cerca de conseguirlo seguían desesperados por el cansancio.

Después de 14 días de sufrimiento los encontraron con un aspecto horrible, ya que era el final del viaje.

Los trataron de la mejor forma posible hasta quedar constancia de lo que se comieron; 12 arrobas de vino, 75 hogazas de pan, un cuarto de vaca y melones.