明太祖是一名疑心極重的君王，因此在平定天下後大肆整肅功臣，為免功自恃有功，威脅君主權威。例如在胡惟庸案時，被牽連之人中功臣就有二十余名；於藍玉案中受牽連之人也達到一萬五千人，因此明太祖藉此廢相，將君權相權合一，形成君主獨裁的局面。太祖又借折辱大臣來提高君主權威，例如令大臣們聞風喪膽的廷杖，令朝廷風氣因循苟且，官員們為求自保，都不敢進諫，導致朝廷人才凋零，有抱負的官員少之又少。

首先, 鑑於蒙古強大,於是對蒙古族採取「絕其智而用並其力」。清廷分隔漢蒙。他禁止漢人學習漢語,不准他們與漢族通婚和按觸,禁止他們學習漢人文化,以免他們聯合漢人叛亂。又分而治之,即蒙古各旗之間不得私自按觸,即使要到近旗放牧,也須因本旗無水草並預先得到許可,方能移往他處放牧,對他們進行民族隔離,使蒙古地區四分五裂。此外,清廷又設法籠絡他們,常授予蒙古貴族官爵,鼓勵滿蒙婚,每逄蒙古遇上天災饑荒,更發糧賑濟,使蒙古民心歸於清廷,藉此控制他們,使其人力,地理優勢等能為清所用,採取了「絕其智而用並其力」。

而且,由於伊斯蘭教是對回部極具影響,更是導致此地局勢不穩的重要因素,於是清廷對回族實行「輕其教而離其人」。鑑於伊斯蘭教領袖能影響當地政治,更經常在回部製造事端,甚至利用教徒聚會廢殺伯克,影響清廷在當地的統治。於是清廷抑制伊斯蘭教,他不鼓勵伊斯蘭教在回部傳播,還禁止阿訇干預政務,藉此抑制伊斯蘭教。此外,清廷對回族實行「分而治之」的政策,禁止漢族移民到西北回部地區;早已移民的漢人則要單獨居住,與回人分隔,彼此不得交往和通婚。又離間各教派.引發回部內部衝突,藉此分化回民,實行「輕其教而離其人」

此外,清廷對藏族實行「崇其教而抑其教」。他尊重黃教領袖達賴喇嘛和班禪喇嘛,提高黃教地位,乾隆帝更塑造自己為 喇嘛教中最受崇信的文殊菩薩的化身,可見清廷尊崇藏民信奉的喇嘛教。然而,清廷亦設法壓抑其宗教領袖的政治影響力,就好像「金瓶掣簽」儀式須由清廷設立的「駐藏大臣」主持,並須由朝廷確認,又由清廷冊封喇嘛教的宗教領袖,以壓抑其宗教領袖的政治影響力,實行「崇其教而抑其教」。

至於西南地區,因為地處邊陲,清廷實行「改土歸流」,以朝廷派遣的官吏,代替世襲的土司,並在西南邊堯地區置府,洲,縣,使這些地區納入朝廷地方的地方行政系統中。以打通西南與腹地的交通線,削弱當時西南地區土司的割據勢力。

從清廷對蒙古(A)採取「絕其智而用並其力」,對新疆(B)實行「輕其教而離其人」,對西藏(C)採取「崇其教而抑其教」,並對西南地區實行「改土歸流」中,可見清初對邊疆民族採取「因族制宜」的原則。

   首先，清廷對蒙古採取絕其智而用其力的統治政策，清廷實行封禁隔離的措施，包括禁止蒙古人學習漢語，避免滿古族吸收漢人崇尚文字的文化，難以提升文化水平，使其人力地理優勢能為清所用，還有他們不能與漢族通婚接觸，使他們之間形成隔膜，防止漢族與蒙古族聯合反抗滿人的統治，與清成了盟友，提供人力，以蒙古為北方禦外的前線，視若長城一般。

    其次，清對回族採取輕其教而離其人的統治政策即抑壓伊斯蘭教，分化回民的統治政策，伊斯蘭教統領能影響當地政治，經常製造事端，利用教徒聚會殺伯克，於是清廷禁止阿訇伊斯蘭教主干預政務，抑制宗教勢力發展，令政局回復穩定，而且清廷禁止漢族移民到西北回族地區，早已移居當地的漢人則要單獨居住，漢丶回之間不能交往通婚。

    而且，清以崇其教而抑其政治理藏族，清廷以宗教籠絡安撫他們，對黃教領袖達賴喇嘛和班禪喇嘛口禮遇有加，以提高黃教地位，乾隆則塑造自己為文殊菩薩化身，建立在西藏的威望，令藏民歸心，同時清廷在西藏設立駐藏大臣，多由滿蒙大臣出任，統領西藏的軍政事務，而且所有官員的任命均由藏族大臣聯同達賴和班禪挑選，抑制西藏的軍政勢力，有利要鞏固統治。

     最後，清採用改土歸流的政治制度統治西南地區民族，先以軍事鎮壓廢除了大批雲貴地區的土司，再集中在四川湖南廣西等地廢除土司一百五十多位，約十九個少數民族，大大打土司的各地勢力，以朝廷派遣的官吏，代替世襲的土司，並在西南邊境地區設府州縣，使這些地方納入朝廷的地方行政系統中，加強清政府對西南地區的直接統治。

     

蒙古方面，清廷採取絕其智而用其力。首先使用愚民政策， 分隔漢蒙，禁止他們學漢語，禁通婚和接觸，制定標準的蒙古文字，避免吸收較先進的漢文化。另外由於蒙古人善戰，位於北方，清廷可籠絡他們守護邊境。設盟旗制，保持蒙古部落絕治，旗長札薩克由蒙古貴族出任，可世襲，承認政治特權，拉攏蒙古貴族；又尊崇蒙古信的黃教，給予宗教領袖達賴喇嘛和班禪喇嘛政治特權，又冊封蒙古人呼圖克圖為大喇嘛，利用專屬蒙古人的宗教領袖，讓蒙古人認為清政府有意維持宗教，並歸順清廷。

新疆方面，清廷採用輕其教而離其人。由於回部信奉排他性強的伊斯蘭教，而且伊斯蘭教領袖能影響當地政治，或製造事端影響清廷統治，如利用教徒聚會廢殺清廷任命的伯克，因此清廷禁止主持教儀、講授經典的阿訇干預政務，實行政教分離。另外清廷離間各教派，引發回民內部衝突，以收分化之效。

西藏方面，清廷採取崇其教而抑其政。清廷尊重喇嘛教，對黃教領袖達賴喇嘛和班禪喇嘛禮遇有加，提升黃教地位，例如為他設專座，位居於群臣之上，又將乾隆塑造成文殊菩薩的化身，讓藏族人民在敬佛心態下容易歸心。同時鼓勵西藏人出家當喇嘛，利用宗教中出世的思想，令他們不理政事；又透過冊封來確立藏族宗教領袖對清廷的名分關係，表明清廷是主藏族是從，減低宗教對政治的影響；從金瓶製簽的儀式中，駐藏大臣的監督和朝廷冊封活佛繼承人可見宗教領袖的最終決定權在清廷手上。

西南少數民族方面，清廷實行改土歸流以加強西南與中央的聯繫。清廷以朝廷派遺的官吏流官代替世襲的土著土司，又設府州縣，收為中國一部分，統治手法與漢人無異，並整理當地戶籍和修建學校，改善居民生活，使他們歸順。