São Paulo vivia, assim, da economia de subsistência, utilizando mão de obra indígena - a mão de obra escravizada africana era de alto custo para os habitantes da região.

Além disso, com os holandeses de posse do Nordeste, as demais regiões produtoras de açúcar passaram a sofrer falta de mão de obra, pois eles, que também se apoderaram de feitorias na África ligadas ao comércio negreiro, abasteciam.

Apesar disso, os indígenas não aceitavam a escravização sem resistir; pelo contrário, reagiam por meio de fugas, de revoltas etc. 

 A preferência bandeirante por essa mão de obra deu início a vários atritos entre colonos e jesuítas. As missões do Sul, do Centro-Oeste e da Amazônia foram sistematicamente atacadas e pilhadas pelas bandei-ras, que eram compostas, em grande parte, por caçadores indígenas e mestiços a serviço de brancos. Uma famosa bandeira de caça a indige-nas foi a liderada por Antônio Raposo Tavares.

 Entretanto, foi somente no final do século XVII e início do século XVIII que os paulistas encontraram ouro na região das Minas Gerais. Além de Minas Gerais, os bandeirantes encontraram ouro e diamantes nas regiões de Goiás e Mato Grosso do Sul.

A criação de gado foi uma atividade secundária e complementar à lavoura canavieira, desenvolvida no litoral nordestino. Para não prejudicar a expansão canavieira, o gado foi levado para o interior do Nordeste, ocupando áreas que eram impróprias à lavoura. Aproveitando as margens do Rio São Francisco e do Rio Parnaíba, essa atividade rapidamente se expandiu no chamado Sertão Nordestino, colaborando para o surgimento da figura do vaqueiro, ainda hoje presente na região. Para fazer frente à Colônia do Sacra-mento, os jesuítas espanhóis fundaram missões jesuíticas - Sete Povos das Missões - em grande parte do Rio Grande do Sul.

A exportação das drogas do sertão revelou-se um negócio altamente lucrativo para a Igreja. A ação dos bandeirantes e dos jesuítas e a criação de gado promoveram a anexação de uma imensa faixa de terras espanho-las, tornando o Tratado de Tordesilhas ultrapassado. Era necessário estabelecer novas fronteiras entre as terras ibéricas na América do Sul.