No dia 29 de novembro de 1807, além das pessoas, foram embarcados móveis, documentos, dinheiro, obras de arte e a biblioteca real. Àqueles que permaneceram em Portugal, foi recomendado que recebessem os invasores de forma pacífica, a fim de evitar derramamento de sangue.

O general Junot (1771–1813), comandante da invasão, permaneceu em Lisboa até agosto de 1808, quando foi derrotado pelas tropas anglo-lusitanas. A partir de então, Portugal passou a ser governado por um Conselho de Regência, formado por fidalgos do reino.

Esse Tratado estabelecia:

Vantagens comerciais, com uma tarifa de importação de 15% para produtos ingleses, 16% para produtos portugueses e 24% para os de outros países.

O compromisso de acabar com o tráfico de escravos, como um passo rumo à abolição da escravidão.

O direito de extraterritorialidade, permitindo que súditos ingleses que cometesse crimes em territórios portugueses fossem julgados por magistrados britânicos, de acordo com a lei inglesa.

A autorização para a construção de cemitérios e templos protestantes no Brasil.

A garantia de que a Inquisição não seria implantada no país, assegurando a liberdade religiosa para os protestantes.

A permanência da família real foi crucial para a unificação territorial do Brasil e fortaleceu a autoridade de Dom João, que implementou medidas políticas e administrativas que atraíram o interesse da Inglaterra. A abertura dos portos às nações amigas fez com que Portugal perdesse o monopólio comercial, aumentando o desejo de independência entre a elite agrária. Quando Dom João VI teve que retornar a Portugal, seu filho Dom Pedro se aproximou da elite local, que temia a recolonização e as revoluções na América Espanhola.