Родился 29 июня 1957 года в селе Бабарап Геок-Тепинского района Ашхабадской области Туркменской ССР.

В 1979 году окончил стоматологический факультет Туркменского государственного медицинского института, затем аспирантуру. Доктор медицинских наук, профессор по специальности «Социальная гигиена и организация здравоохранения». Трудовую деятельность начал в 1980 году году врачом-стоматологом.

1990—1995 гг. — ассистент кафедры терапевтической стоматологии, доцент, декан стоматологического факультета Туркменского государственного медицинского института.

1995—1997 гг. — директор стоматологического центра министерства здравоохранения и медицинской промышленности Туркменистана.

С 1997 года — министр здравоохранения и медицинской промышленности Туркменистана.

С 2001 года — заместитель председателя кабинета министров Туркменистана (председателем кабинета министров Туркмении являлся сам Ниязов). В ноябре 2006 года представлял Туркмению на саммите СНГ в Минске.

В прессе задолго до кончины С. А. Ниязова были распространены слухи, согласно которым, Гурбангулы Бердымухаммедов — внебрачный сын Туркменбаши. Однако разница в возрасте между ними составляет всего 17 лет.

После смерти Ниязова возглавил похоронную комиссию и стал по решению Государственного совета безопасности исполняющим обязанности президента. В соответствии с Конституцией Туркмении должен был возглавить Овезгельды Атаев — председатель меджлиса, но против него внезапно было возбуждено уголовное дело.

Получил 26 декабря на заседании халк маслахаты (Народного совета) единогласную поддержку 2507 делегатов высшего органа власти страны в качестве кандидата в президенты Туркмении.

Победил на выборах президента 11 февраля 2007 года с результатом 89,23 % и стал вторым президентом Туркмении.

Утром 14 февраля 2007 года ЦИК Туркмении объявил имя победителя, сразу после этого началась иннагурация нового президента. Бердымухаммедову вручили удостоверение президента и отличительный знак в виде золотой цепочки с восьмигранной эмблемой. Новый президент прошел по белому ковру, символизирующему светлый путь. Ему преподнесли сачак — завернутый в скатерть хлеб, колчан со стрелами, Коран и «Рухнаму».

23 апреля 2007 приехал с официальным визитом в Москву и провел встречу с Путиным, в ходе которой обсуждались газовые контракты, сотрудничество в области медицины и образования и внешнеполитическая ориентация новых туркменских властей.