Los recursos hídricos de Puebla incluyen importantes fuentes de agua superficial y subterránea. Se identifican cuatro regiones hidrológicas: Pánuco al noroeste; Tuxpan-Nautla al norte; Papaloapan al este y sureste, y Balsas en el centro del territorio poblano. Su aprovechamiento presenta el aprovechamiento siguiente: agricultura (1,962 hm³), abastecimiento público (385 hm3), industria autoabastecida (35.2 hm³) y energía eléctrica excluyendo hidroelectricidad (6.5 hm³).
De los 19 acuíferos ubicados en Puebla, dos se encuentran sobreexplotados: el del Valle de Tecamachalco, de la cuenca río Atoyac, y el de Tepalcingo-Axochiapan, de la cuenca río Amacuzac. Además de la sobreexplotación, Puebla presenta casos graves de contaminación en los ríos Atoyac y Alseseca, que resultan de las descargas de aguas residuales provenientes de las principales actividades económicas como los servicios y, fundamentalmente, la industria en sus diferentes ramos. Se ha detectado también que las aguas residuales que fluyen por el drenaje de Valsequillo contienen metales pesados como zinc, plomo, cobre, níquel, selenio, cadmio, cromo y mercurio.

Así lo señala un informe del Centro de Estudios Sociales y de Opinión Pública (CESOP) de la Cámara de Diputados, en el que se advierte que ninguna actividad industrial es tan agresiva ambiental, social y culturalmente como la minería a cielo abierto. Los efectos de su operación son “devastadores”: elimina bosques, remueve y destruye suelos, agota y contamina el agua, despoja a ejidos y comunidades de sus tierras, según el documento.