Las chinampas se encuentran en riesgo, esto debido a los hundimientos e inundaciones generadas a causa de las aguas contaminadas.
Esto se debe principalmente a las descargas de aguas negras y grises, tirar basura y contaminantes directamente en los canales.
También se descubrió que la mayor parte de la contaminación del agua es por parte de sustancias con jabones, con los cuales se lava la ropa.
Además de que los canales se comenzaron a deteriorar cuando comenzaron a construir arriba de las chinampas, negocios y casas. Además de crear calles para conectar chinampas.

Las aguas de San Gregorio Atlapulco han sido extraidas hacia el centro de la Ciudad, donde esta sustracción afectó a San Gregorio, teniendo undimientos del suelo, donde en Diciembre de 2022 puso alerta a los habitantes de estas zonas para evitar una futura extracción del agua en estas zonas.

Todo esto tiene origenes desde hace un siglo, donde se creó un acueducto para poder llevar agua hacia el centro de la capital y las zonas donde la población comenzaba a crecer.
A partir de la creación de estos acueductos, gradualmente los lagos y manantiales de estas zonas comenzaron a desaparecer.

En los años 70's el agua potable que se mandaba de Xochimilco a la ciudad regresaba contaminada, esto haciendo que la gente que trabaja en los canales se adapte a estos, donde las tierras con menos agua sea para el ganado, con mayor agua para la siembra y donde se encuentre aguacontaminada para las viviendas.

El artículo 27 de la constitución política de los Estados Unidos Mexicanos señala que las aguas son propiedad de la Nación y son las bases para que el Estado regule su aprovechamiento.