En 2007, le plan de prévention des risques d’inondation (PPRI), négocié entre la ville et la préfecture, classe les prairies Saint-Martin en secteur réservé à l’expansion des crues dans lequel les jardins sont autorisés. Mais en 2009, un arrêté entre en vigueur suite à l’étude de pollution des prairies, résultats les sols sont déclaré pollués, certainement dû aux anciennes activités effectuées sur le site. Les jardiniers se voient interdire la culture des légumes feuilles, ce qui remet en cause l’utilisation de ces jardins. En  mai 2011, la Ville de Rennes annonce par la presse locale que les jardins familiaux des Prairies Saint-Martin vont être fermés pour donner lieu à la construction d’un parc naturel urbain (PNU), sur ce site d’environ 30 ha, qui a notamment pour but de limiter l’expansion des crues. Les maisons et parcelles situées dans le périmètre de la DUP (Déclaration d’Utilité Publique), sont menacées d’expropriation. 

Les riverains, jardiniers et usagers des prairies montent des collectifs et des associations pour s’élever contre le projet de PNU de la ville de Rennes. Ce conflit dure depuis plusieurs années. Bien que le parc ait été inauguré officiellement le 8 juin 2019, certains habitants sont toujours en conflit car il reste l’aménagement des berges le long du canal. 

Tout d’abord le maître d’ouvrage de ce projet est un acteur public, la ville de Rennes. Il concerne par exemple, l’adjoint à l’urbanisme actuel Marc Hervé (ancien élu du quartier Saint-Martin), la chargée du projet à la ville Laurence Roux, l’élu du quartier saint Martin Sylvain Le Moal, ou encore l’adjoint en charge de l’écologie de la ville, Daniel Guillotin (depuis 2014, avant Jean-Luc Daubaire).

À l’issu d’un concours en 2012, la ville, sous la municipalité PS de Daniel Delaveau (2008-2014), choisit l’agence parisienne BASE paysagistes comme maitre d’œuvre pour ce projet.

Les premiers opposants au projet sont les occupants des 110  jardins ouvriers visés par l’expulsion des jardins annoncés en 2011, ainsi que les habitants des parcelles et maisons appartenant au périmètre de la DPU (Déclaration d’Utilité Publique) et classées en zone inondable par le PPRI (Plan de Prévention du Risque Inondation) de 2007.

En 2002, année où la ville de Rennes rachète les jardins ouvriers à l’OPAC (« Ancienne institution publique qui gérait le domaine du logement social, remplacée aujourd'hui par les Offices publics de l'habitat (OPH) »),  Eric cordier (secrétaire du Comité de vigilance des Prairies Saint-Martin) et d’autres habitants des praires fondent le Comité de vigilance des Prairies Saint-Martin, « pour avoir une capacité morale contre l'expropriation ».

En 2006, l’association Les amis du patrimoine alerte sur l’opération de nettoyage des jardins par la ville, au cours de laquelle des haies plessées ont été remplacé par des grillages, et des nouveaux cabanons ont remplacés ceux jugés en mauvais état. Selon eux, il faut « sauvegarder les parcelles qui portent témoignage des techniques anciennes ».

En mai 2011, la Ville de Rennes annonce par la presse locale que les jardins familiaux des Prairies Saint-Martin vont être fermés pour donner lieu à la construction d’un parc urbain, l’association Préservons les Prairies Saint-Martin, puis le collectif  Tous aux prairies qui rassemble citadins et usagers des prairies est créé « en réaction au projet de suppression des jardins familiaux ».