Teile der Kirche haben das NS-Regime aktiv unterstützt, während andere darüber weitgehend geschwiegen haben und wieder andere aktiven Widerstand geleistet haben. 

Auch innerhalb der katholischen Kirche war diese Spaltung sichtbar. Papst Pius verurteilte das NS-Regime in seiner Enzyklika von 1937 ganz ausdrücklich. Währenddessen gab es auch Vertreter der katholischen Kirche, die mit dem NS-Regime zusammengearbeitet haben. Allgemein erscheint die Revidierung der Kritik am Nationalsozialismus nach kirchenfreundlichen Aussagen Hitlers sehr opportunistisch.

Die evangelische Kirche hingegen war noch weiter gespalten. Dort gab es einerseits die “bekennende Kirche” und die “deutschen Christen”.

Die bekennende Kirche begründet sich auf die “Barmer theologische Erklärung” von 1934 und verurteilt seither das NS-Regime scharf. Einige Vertreter der bekennenden Kirche leisteten sogar gewaltsamen Widerstand - so auch Dietrich Bonhoeffer, ein Pfarrer, der für ein gescheitertes Hitler-Attentat bekannt ist und dafür hingerichtet wurde. Andere teile der bekennenden Kirche haben eher passiven Widerstand geleistet.

Die deutschen Christen, auf der anderen Seite, hatten in 28 von 30 deutschen Landeskirchen das Sagen. Diese Bewegung hat sich zum Ziel gesetzt, den christlichen Glauben auf die nationalsozialistische Ideologie anzupassen und das NS-Regime zu rechtfertigen. Dabei wurden systematisch Menschen jüdischer Abstammung ausgegrenzt. Aus den deutschen Christen ist auch das “Institut zur Erforschung und Beseitung jüdischen Einflusses auf das deutsche kirchliche Leben” - oft auch “Entjudungsinstitut” genannt. Dieses Institut hat es sich zur Aufgabe gemacht, den jüdischen Einfluss in der Bibel zu beseitigen. Das bedeutete, das alte Testament zu verwerfen und das neue Testament dahingehend zu manipulieren, dass ein Bild von einem “arischen” Jesus gezeigt wird - es war zeitweise auch die Rede davon, ein “fünftes Evangelium” einzuführen.

Das zeigt, dass nicht die ganze (christliche) Kirche verantwortlich gemacht werden kann - allerdings große Teile.

So gab es einige Kirchenvertreter, die ganz klar das NS-Regime unterstützt haben - denen ist eine besondere Verantwortung zuzuschreiben. Sie sind dafür so weit gegangen, das Fundament des christlichen Glaubens zu verändern und mehr als zu halbieren. Sie scheinen gewusst zu haben, dass genau das nötig ist, um die NS-Ideologie auf Basis der (veränderten) Bibel zu legitimieren.

Ein großer Teil der Kirche hat hauptsächlich geschwiegen - zu erklären ist das durch die Umstände der Zeit. Wer aktiv Widerstand geleistet hat, konnte mit Sicherheit mit staatlichen Repressionen rechnen - an Dietrich Bonhoeffer und Paul Schneider (beide für ihren Widerstand ermordet) konnten so starke Exempel statuiert werden. Dabei darf man aber nicht vergessen, dass auch Teile der bekennenden Kirche staatliche Maßnahmen gegen Juden (z.B. Novemberpogrome 1938, Nürnberger Rassengesetze 1935) nicht kritisiert haben. Das hatte den Grund, dass sie die Regierung (nach Luther) als Gottes Anordnung verstanden haben. Daher haben sie sich nur gegen direkte Einschränkungen der Kirche geäußert.

Insofern tragen dennoch auch die, die darüber geschwiegen haben, eine Verantwortung für die Verfolgung von Juden im dritten Reich sowie der Radikalisierung der Bevölkerung.

Die “Stuttgarter Schulderklärung” der EKD noch im Oktober 1945 erkennt diese Verantwortung an. Seitdem zeigte sich die EKD bemüht, diese Vergangenheit aufzuarbeiten.