A menos de dos años, un descontento creciente generó otra rebelión militar el 24 de abril de 1965, que exigía la restauración de Bosch. Los insurgentes, al mando del coronel Francisco Alberto Caamaño, eliminado de la junta de militar, pero el 28 de abril, con la ayuda de los Estados Unidos en la guerra civil enviando 42.000 tropas al país.

Se formó un gobierno interino, y se fijaron nuevas elecciones para el 1 de julio de 1966. Bosch regresó al país y se lanzó como candidato presidencial de su partido. Sin embargo, hizo una campaña algo menos intensa, temiendo por su seguridad y creyendo que sería expulsado de su cargo por el ejército otra vez si ganase. Fue derrotado por Joaquín Balaguer, quien obtuvo el 57% de los votos.

Don Juan, como es cariñosamente recordado por muchos, murió el 1 de noviembre de 2001, en Santo Domingo. Como ex presidente, recibió los honores correspondientes en el Palacio Nacional, y fue enterrado en su ciudad natal de La Vega.

Hasta la fecha, se le recuerda como un hombre de principios. Con los años, como su suerte subía y bajaba, su dirección política osciló violentamente. Él mismo se describió como una persona “no-comunista” y amigo de Fidel Castro, y le dijo a un entrevistador en 1988 que nunca había sido marxista.

El triunvirato gobernó 18 meses, asumió para sí tanto el poder
ejecutivo como el legislativo, pudiendo dictar leyes sin ninguna
cortapisa. La mayoría de las disposiciones dictadas en ese
periodo fueron para favorecer a los sectores económicos y a la
inversión extranjera, como la Ley de Protección Industrial, la Ley
de Transferencia Internacional de Fondos, la Ley General de
Bancos y la de Asociaciones Cooperativas. Algunas medidas
antidemocráticas fueron la Ley que prohibió las organizaciones
comunistas, la que prohibía las reuniones políticas frente al
Altar de la Patria, la que reglamentó los impedimentos de salida
del país hacia el exterior, y la que suprimió el fuego de la
Universidad de Santo Domingo.

El Triunvirato legisló creando el Instituto de Crédito Educativo, No obstante su promesa de celebrar elecciones a finales de 1965
y de ir preparando ese proceso mediante una Ley de Registro
Electoral, el Triunvirato se fue debilitando a fines de 1964 y
principios de 1965. Un levantamiento en una base militar el 24
de abril de 1965 fue seguido otros, iniciándose la llamada
Revolución de Abril de 1965.

Medidas y características de primer Consejo de Estado:

  La ciudad capital recuperó su antiguo nombre de Santo Domingo y dejó de ser llamada ciudad Trujillo.

La Organización de Estados Americanos (OEA) procedió el día 4 de enero de 1962 a levantar las sanciones económicas al país que había impuesto en 1960, lo que significó un paliativo a la crisis económica que afectaba al país como resultado de la inestabilidad política reinante desde la caída de Trujillo.

Los estudiantes universitarios, por su parte desarrollaron también una intensa actividad de agitación hasta lograr que el Consejo de Estado les otorgara autonomía a la Universidad de Santo Domingo.

El 16 de enero de 1962 se produjo una masacre en el parque Independencia en la capital en la que varias personas fueron muertas y decenas heridas. Los manifestantes pedían la renuncia de Joaquín Balaguer, y los militares, quienes actuaban bajo las órdenes del secretario de las Fuerzas Armadas .

El 17 de enero, en medio de manifestaciones de repudio a Balaguer, se produjo un Golpe militar al Consejo de Estado,

Esta Junta Cívico-Militar se caracterizó por estar formada por militares cercanos al trujillismo y ser leales a Joaquín Balaguer.

 Sin embargo, el militar no pudo mantenerse en el poder debido a la resistencia popular, lo que motivó que el 18 de enero en el cual se viese obligado a desistir de sus propósitos. Al producirse un contra golpe militar.

 

El intento de continuidad de Joaquín Balaguer y los militares fracasó, por lo que este partió hacia Puerto Rico, en marzo de 1962, en una negociación mediada por la iglesia católica. La salida de Balaguer provocó gran algarabía en la población, que lo consideraba la principal figura de la dictadura que permanecía en el país y que veía con buenos ojos al nuevo gobierno.

El 18 de enero de 1962 se formó el segundo Consejo de Estado, el mismo pasó a ser dirigido por Rafael Filiberto Bonelly, representante de la Unión Cívica Nacional. 

Este había ocupado importante cargo durante la dictadura de Trujillo.

A partir de ese entonces la Unión Cívica Nacional abandonó su carácter de agrupación patriótica para convertirse en partido político bajo la consigna de “Revolución Integral”, con el objetivo de participar en las elecciones de ese mismo año de 1962.

Algunas medidas importantes del segundo consejo de Estado.  

La desintegridad del gobierno de Trujillo demandadas por el pueblo.

Expropiación de los bienes perteneciente al dictador Trujillo, a sus familiares y a sus colaboradores más cercanos. Esto se hizo con la promulgación de la Ley 7585 de confiscación de bienes de Trujillo.

La promulgación de la Ley 5880, en mayo de 1962, que sancionó las actividades las actividades trujillistas y ordenó la prisión de las principales figuras del régimen. Además, se iniciaron procesos judiciales contra algunos esbirros de la tiranía, como los implicados en el asesinato de las hermanas Mirabal en 1960.

La creación de la Corporación de Fomento Industrial, organismo que se encararía de las rentas e impuestos de las empresas de Trujillo que pasaron al Estado Dominicano.   

 La promulgación de la Ley de impuesto sobre la Renta.

Permitió la entrada de muchos exiliados y el aumento de los precios de los artículos de primera necesidad de la canasta alimenticia familiar.

Se caracterizó por ser un gobierno que fomentó la corrupción desde el poder.

En conclusión, el segundo consejo de Estado no se propuso la realización de grandes reformas sociales y su desempeño no llenó las expectativas de la población.

El segundo Consejo de Estado terminó sus funciones el 26 de febrero de 1963, un día antes de Jan Bosch ser juramentado como presidente constitucional.