https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur Seminario Citogenética Humana: Resumen del artículo sobre la organización tridimensional del genoma. en-us 2023-07-08 19:43:13 UTC 2026-02-28 13:30:16 UTC hello@padlet.com danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640917248 LÁMINA NUCLEAR
Hay dominios LAD (Dominios asociados a membrana) de la cromatina, cercanas a lámina nuclear. Con poca expresión de genética y abundante GC.

COMPLEJO DE PORO NUCLEAR
Dentro del complejo hay un tipo de proteínas FG-NUPS que se integran con proteínas reguladoras para la expresión de algún gen.

NUCLEOLO
Distintos segmentos de cromosomas expresan los ARNr necesarios para la composición de los ribosomas. ]]> 2023-07-08 19:56:38 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640917248 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640919242 Factores limitantes:

• Sensitividad: Capacidad de captar luz por el microscopio

• Resolución: Depende del tamaño del tipo de sonda utilizada
  • Fosmid probes (~40kb): para sodear regiones mayores a 100 kb
  • OligoNTPs probes: para sondear regiones menores a 100 kb

]]> 2023-07-08 20:10:19 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640919242 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640922502 Nota 1: es clave la evidencia empírica de la inducción de la formación de cross-links entre regiones cercanas tridimensionalmente de ADN gracias al formaldehído.

Nota 2: 3C y sus derivados son técnicas de inferencia, ya que por probabilidad, si dos regiones de ADN están cerca en un espacio tridimensional, es más probable que se formen estos cross-links.

Nota 3: A diferencia de FISH, esta técnica se aplica a todo un cultivo celular.

La técnica consiste en los siguientes pasos:

1. Formación de cross-links: inducido por formaldehído
2. Digestión: se extrae el ADN y se digiera con enzimas de restrcción --> las enzimas de restricción no cortan los cross-links.
3. Ligación: estos extremos de sobran de los cross-links se ligan con una ligasa.
4. Detección por PCR: se rompen los cross-links y estos templates de uniones en espacios 3D se amplifican con PCR.

]]> 2023-07-08 20:32:19 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640922502 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640926786 Se sigue la misma rut de trabajo de 3C pero se agregan los siguientes pasos:

• Self-circularization: Se forman librerías de estas interacciones 3D del genoma por medio de una doble ligación de los extremos (miniplásmidos).
• PCR inversa: se targetean las regiones de contacto y se analiza en microarrays.

]]> 2023-07-08 21:08:04 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640926786 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640928402 Lo novedoso de esta técnica es la utilización de primers universales y múltiples (como una PCR múltiple) para la posterior detección por microarrays]]> 2023-07-08 21:20:21 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640928402 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640930315 Nota 1: Estas técnicas y sus derivados tienen mayor resolución que 3C, 4C y 5C.

Nota 2: Hi-C y ChIA-PET se analizan mediante high-throughput sequencing.

Nota 3: Se contruyen mapas de contacto cuya resolución en la actualidad llega niveles menore a 100 pares de bases.

Hi - C:
Lo peculiar de esta técnica es que previo a la ligación, se agregan adaptadores marcados con biotina
Posterior a esto, se filtran los fragmentos captando únicamente los marcados biotina, dándole así una mayor especificidad a comparación de 3C, 4C y 5C.

GCC y TCC: GCC es la aplicación de Hi-C al análisis estructural de genomas (se han mapeado genomas de bacterias como E. coli)
TCC (Tethered) utiliza métodos estadísticos para mejorar la relación señal/ruido de la técnica de Hi-C

ChIA - PET:
Utiliza ChIP (Chromatin Inmuno-Precipitation) para filtrar las interacciones proteína-ADN.]]> 2023-07-08 21:29:23 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640930315 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640930561 La disrupción de los reguladores clave de la arquitectura del genoma puede tener consecuencias graves. Se ha demostrado que mutaciones en CTCF y cohesina están asociadas con enfermedades genéticas y trastornos del desarrollo.]]> 2023-07-08 21:31:44 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640930561 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640930576 La combinación de enfoques basados en 3C con otros tipos de datos epigenómicos puede ayudar a cerrar la brecha de conocimiento y revelar principios fundamentales subyacentes a la estructura y función del genoma.]]> 2023-07-08 21:31:54 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640930576 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640930593 La comprensión de la estructura tridimensional del genoma en el núcleo es fundamental para comprender la regulación génica y cómo los cambios en la organización del genoma pueden contribuir a enfermedades y trastornos genéticos.]]> 2023-07-08 21:32:07 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640930593 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640930618 Técnicas como Hi-C y FISH se utilizan para estudiar la estructura tridimensional del genoma en el núcleo y han revelado información sobre la organización espacial de los cromosomas y la formación de compartimentos y subdominios.]]> 2023-07-08 21:32:18 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640930618 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640930671 La organización tridimensional del genoma en el núcleo puede influir en la regulación génica al permitir la interacción de elementos reguladores con sus genes objetivo.]]> 2023-07-08 21:32:44 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640930671 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640931516 Territorios cromosomicos
Regiones específicas de los cromosomas que contienen genes y elementos reguladores que controlan procesos biológicos dentro del núcleo celular. Estos se dividen en a nivel jerarquico segun su nivel de compactación en Territorios cromosómicos, compartimentos A y B, regiones TAD y subTADs, y por último los loops.

]]> 2023-07-08 21:39:30 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640931516 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640931566 CTCF induce la formación de LADs
Interacción intra e intercromosomal

COHESINAS y CTCF  están en los límites de los dominios de asociación topológica (TADS) que son microambientes funcionales de reguladores y targets]]> 2023-07-08 21:39:56 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640931566 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640931862 El objetivo de las técnica de análisis tipo 3C es analizar el comportamiento de la conformación a nivel celular; sin embargo, algunas limitaciones encontradas se atribuyen a las diferencias significativas de la conformación de la cromatina en células individuales que pueden presentar variaciones según el ciclo celular y estado celular ya que, los datos de los análisis 3C generan patrones de interacción de cromatina promediados que no otorgan información sobre las fuerzas de interacción y estabilidad cromosómica de cada célula en caso ocurran.]]> 2023-07-08 21:42:23 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640931862 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640931903 El mejoramiento del mapeo 3D del genoma significa mejorar la profundidad de secuenciación a partir de Bibliotecas Hi-C. Para ello, se emplean técnicas más avanzadas como técnicas 4C y 5C. Una mayor calidad de Bibliotecas Hi-C conlleva a tener una mejor profundidad de secuenciación y esto permite tener una mejor resolución de datos. La captura del genoma completo o selectivo puede aumentar  el número de lecturas utilizables Hi-C. Uno de los métodos utilizados para la captura selectiva del genoma puede darse a partir del uso de oligonucleótidos específicos para unir bibliotecas Hi-C y observar las interacciones intra o intercromosómicas. Este método es una tecnología 3C de cuarta generación.]]> 2023-07-08 21:42:41 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640931903 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640932025 La técnica T2C de captura de cromatina dirigida es de alta resolución y de alto rendimiento. Es una técnica de cuarta generación donde semplean oligonucleótidos específicos para unir bibliotecas Hi-C y observar las posibles interacciones cromosómicas. 
La cromatina entrecruzada aislada pasa por una digestión primaria, se liga y vuelve a pasar por una segunda digestión por enzima de registrión donde ocurre una reparación y se liga a sus adaptadores correpondientes para dar paso a la hibridación por oligonucleótidos. Finalmente, ocurre la secuenciación por pares. El mapa de interacción de cromatina representa las interacciones entre dos fragmentos del genoma. ]]> 2023-07-08 21:43:40 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640932025 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640932062 La agrupación de secuencias cortas en contigs sigue siendo un desafío para el ensamblaje de genomas. El tamaño pequeño y la baja calidad de las lecturas dificultan el ensamblaje. Para  la construcción de modelos genómicos basados en secuencias cortas, se hacen uso de mapas físicos como es el caso de los que se encuentran en el Proyecto Genoma Humano, aún así, existen contigs que no se encuentran referenciados, y en otros organismos aún no se han establecidos genomas de referencia. Para contrarrestar estas dificultades se buscan diversos enfoques de secuenciación profunda actuales.]]> 2023-07-08 21:43:59 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640932062 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640932127 Tal es el caso del programa LACHESIS "ligadura de cromatina adyacente permite el andamiaje in situ", un método para ensamblar genomas de Novo a partir de datos de secuenciación shotgun y lecturas Hi-C.
a. La entrada es un grupo de contigs y datos de interacción cromosómica (enlaces Hi-C) del genoma de referencia. Las interacciones cromosómicas se muestran en líneas naranjas agrupadas. 
b. Los contigs en el mismo cromosoma (mismo color: azul, verde, rojo) presentan mayor número de interacciones cromosómicas, es decir, hay mayor número de interacciones intracromosómicas que intercromosómicas.
c. En el mismo cromosoma, los contigs más cercanos, muestran más enlaces Hi-C que contigs el número de enlaces entre contigs más separados. Esto permite que el programa órdenes los contigs por grupo cromosómico.
d. La posición de los enlaces permite el ordenamiento según la orientación de cada uno de los contigs.]]> 2023-07-08 21:44:34 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640932127 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640932206 Debido  que cada cromosoma se pliega en un lugar distinto incluso el par de cromosomas homólogos y es posible que el mayor número de interacciones cromosómicas y contactos de la cromatina provengan del interior de cada cromosoma, las nuevas tecnologías buscan la separación de cromosomas homólogos empleando la técnica Hi-C y datos de secuenciación del genoma completo. Esto podría ayudar en la reconstrucción de haplotipos celulares en base a los datos proporcionados por interacciones en Hi-C.

Asimismo, también existen técnicas 3C con enfoque metagenómico (meta 3C) que puede analizar la diversidad de la organización cromosómica de los microorganismos en una comunidad. Este método puede caracterizar genomas individuales y genomas de las especies contenidas en una mezcla de microorganismos.]]> 2023-07-08 21:45:09 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640932206 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640932236 1. La organización tridimensional del genoma en el núcleo celular es esencial para la regulación génica y la función del genoma.
2. Los reguladores clave, como CTCF y cohesina, desempeñan un papel crucial en la organización y regulación del genoma.
3. Se necesitan más investigaciones y tecnologías avanzadas para comprender completamente la estructura y función del genoma en el núcleo celular.]]> 2023-07-08 21:45:29 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2640932236 danielguevara1 https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2642138974

Almedyda Tejada, Jennifer Zayetsy (20100122)

Carrillo Garcia, Jose (20100129)

Garbozo Santillan, Daniel Ernesto (19100119)

Guevara Díaz, Daniel Fernando (20100132)

]]> 2023-07-11 00:28:26 UTC https://padlet.com/danielguevara1/5ml1myzlnd91lur/wish/2642138974