La date et le lieu de naissance de La Pola sont également sujets à polémique en l'absence de documents officiels. Policarpa est le cinquième des neuf enfants (dont la troisième et dernière fille) de Joaquín Salavarrieta et Mariana de Ríos, mariés le 16 septembre 1786 à Moniquirá dans le département de Boyacá^{2,B 1}. La version populaire veut qu'elle soit née dans la municipalité de Guaduas, Cundinamarca, entre 1790 et 1796. Cependant, le poète colombien Rafael Pombo a affirmé qu'elle était née à Mariquita, tandis que José Caicedo Rojas défendait la thèse de la naissance de Policarpa à Bogota. 

En 1802, alors que Policarpa a tout juste sept ans, ses parents sont emportés par une épidémie de variole à Santa Fé de Bogotá^{B 1}. Mariana Ríos décède le 14 août 1802 et Joaquín Salavarrieta le 7 septembre de la même année^2,5. Deux de leurs enfants, Eduardo et María Ignacia Clara, décèdent également de la variole durant cette période¹. Ils sont probablement morts avant leur père, leurs noms ne figurant pas sur le testament rédigé par Joaquín Salavarrieta le 4 septembre 1802⁵. Policarpa et son frère Bibiano, alors âgé de moins d'un an, sont par la suite envoyés par leur sœur aînée, Catarina, à Guaduas pour leur sécurité. Tous trois vont ainsi aller vivre chez Margarita Beltrán, la marraine de Catarina¹. Quant aux quatre autres enfants survivants, José María et Manuel décident de rejoindre la communauté augustinienne alors que Ramón et Antonio Francisco partent travailler dans une ferme située à Tena^4,1. 

Margarita Beltrán fait rentrer Policarpa à l'école du Convento de la Soledad (le « Couvent de la Solitude ») de Guaduas et où elle apprend à lire et à écrire. Elle y étudie également la doctrine et l'histoire espagnole et apprend à jouer de la guitare et à chanter^{A 1}. La marraine de Catarina révèle à la jeune fille que son père a participé à la révolte des Comuneros de Socorro en 1781. Dès lors, Policarpa s'intéresse à la liberté des peuples et, ainsi, se renseigne sur la Révolution française ou encore sur la Déclaration des droits de l'Homme^{A 2}. 

Alors que Policarpa est adolescente, elle fait la connaissance des frères Leandro et Alejo Sabaraín qui habitent avec leur père Joaquín Sabaraín à Mariquita⁶. La jeune fille et Alejo tombent amoureux l'un de l'autre et pensent se marier en 1810 mais les évènements révolutionnaires qui secouent le pays les en empêchent⁴.