Decise di farli occupare al più presto per via della posizione strategica: apportò alla piccola cittadina un’importante modifica e migliorò notevolmente il porto. 

Il condottiero alla fine fece unire i due borghi, e chiamò il nuovo paesino Port Napolèon. 

Questa scelta fu coraggiosa da parte di Napoleone, perché i borghi erano in conflitto da lungo tempo, dunque per i cittadini fu difficile vivere in armonia. 

Vittorio Emanuele II di Savoia con un decreto Reale il 31 dicembre 1863, siccome troppi Comuni del Regno portavano lo stesso nome, causando confusioni, decise di modificare il nome aggiungendo “Ligure”.

Il 2 Giugno 1797 la deputazione partì per incontrare Bonaparte.

La sera del 3 Giugno, la delegazione genovese venne convocata da Bonaparte.

Bonaparte, si lanciò in un'offensiva contro il governo aristocratico genovese e annunciò di voler marciare con la sua armata su Genova per vendicare così gli affronti subiti.

Proseguendo il suo discorso affermò la necessità di riforme all’interno dell’ordinamento genovese e impose, come condizione basilare per il riassetto della Liguria, la rinuncia all’aristocrazia al fine di creare un governo nel quale siano ammesse tutte le persone oneste e confidenti della Francia.

Bonaparte concluse la sua trattazione dicendo che la Francia non avrebbe obbligato Genova ad adattare leggi francesi e che sarebbe stata compito dei tre deputati presentargli un piano che contenesse un abbozzo di riforma secondo le linee guida da lui indicate. Il 5 e il 6 di Giugno 1797 furono i due giorni in cui la nuova costituzione della repubblica venne stesa da Cambiaso, Carbonara, Serra e Bonaparte.

Il giorno successivo la deputazione inviò al Minor Consiglio la prima stesura della Convenzione di Mombello insieme a una lettera di accompagnamento.

l’anno successivo Genova,proclamò lo stato di assedio e venne creata una commissione governativa composta da 15 uomini.

Dopo l’arrivo del generale Massena, si riaccesero focolai di rivolta popolare che portarono Genova ad essere sotto assedio austraco. Massena venne sconfitto dall’Austria il 2 giugno 1800 e, il 4 giugno iniziò la breve dominazione austriaca.Dopo la vittoria di Napoleone a Marengo,Bonaparte domandò ai tre delegati se la repubblica ligure fosse disposta ad unirsi alla repubblica Cisalpina.

Napoleone venne proclamato Re d’Italia a Milano il 26 maggio 1805.

Quando Bonaparte si recò a Genova in visita ufficiale fu accolto da Michelangelo Cambiaso, diventato sindaco di Genova, che gli donò le chiavi della città.

A Santa Margherita si contano diverse chiese edificate in stile barocco:

L’edificio, presente già nell’XI secolo, cambiò consacrazione quando, nel 1783, una statua lignea della Vergine Maria fu ritrovata nelle acque antistanti Santa Margherita Ligure e fu deciso di conservarla nella grande chiesa barocca. La statua della Madonna della Lettera, che secondo alcune fonti si trovava a Messina durante il terremoto del 1783, fu trasportata dalle acque del Tirreno fino in Liguria, e da quel momento è sempre stata conservata in chiesa.

La chiesa presenta oggi un interno diviso in tre navate, impreziosito da dipinti di rinomati maestri del Seicento genovese: Giovanni Battista Paggi (La Natività, 1600 circa), Giovanni Andrea De Ferrari (San Biagio e due Santi Vescovi, 1630 circa) e Valerio Castello (San Sebastiano, San Lorenzo e San Rocco, datato 1648). Nella cappella della navata maggiore, è conservata una statua dello scultore Anton Maria Maragliano, che rappresenta la Vergine Maria. 

La chiesa parrocchiale è dedicata a San Siro fin dalla sua nascita.

Egli fu uomo della carità, sacerdote attento, coraggioso e disponibile.

Fu dedicato a Sant’Erasmo, vescovo martire del IV secolo e protettore della gente di mare. Ricostruito nel XVII secolo, oggi presenta una facciata settecentesca e conserva al suo interno modellini in legno di antiche navi come ex voto dei marinai, ricchi arredi e paramenti sacri.

Dal 1638 diventò sede della Confraternita di Sant’Erasmo, nata con fini assistenziali e di mutuo soccorso; nel 1648 il Cardinale Stefano Durazzo approvò gli Statuti della Confraternita. Tra il XVII ed il XVIII secolo la Confraternita svolse anche il ruolo di Capitaneria di Porto, riscuotendo i diritti portuali. Dopo la parentesi napoleonica, tra il 1811 ed il 1814, nel corso dell'Ottocento riprese la sua attività che prosegue tutt'oggi.

Ogni Natale la Confraternita allestisce all'interno dell'Oratorio un bellissimo presepe con figure e ambientazioni tipiche del quartiere di Corte.

La scelta di abbinare la festa della Primavera con quella in onore di San Giuseppe non fu fondamentale. Senza nulla togliere al Santo, uno dei più celebrati dalla chiesa, protettore dei lavoratori manuali e dei moribondi. Venerato soprattutto dal mondo contadino, e gli abitanti di Santa un tempo si dedicavano prevalentemente all’agricoltura. Durante la festa, venne eseguito l’inno della Ghiaia che rievoca la battaglia a pietre fra abitanti di San Giacomo di Corte e quelli di Santa Margherita con la vittoria dei margheritesi; durante la Repubblica di Genova e anche dopo la fine dell’Impero Francese le rivalità seppur ora scomparse continuarono fino agli anni 60 del XX secolo.

Ancora oggi durante la festa della Primavera tenuta dal 18 al 20 Marzo viene intonato l’inno di Ghiaia.

L’oratorio è sede dell’Arciconfraternita di San Bernardo.

Sul finire del XVIII secolo l’oratorio non poté sottrarsi a quell’impoverimento dei beni delle Confraternite che prese iniziativa con la dominazione francese in Liguria. Il 5 aprile 1798 un Decreto del Direttorio legislativo ordinò la consegna di tutti gli arredamenti d’oro che non fossero necessari agli usi cerimoniali. In questi anni l’oratorio di San Bernardo risulterebbe inoltre occupato da una compagnia di commedianti, i quali, furono allontanati dopo poco tempo.

Dopo che i francesi ebbero lasciato Genova la Confraternita poté riprendere la sua attività nel 1814 e per alcuni decenni si cercò di far ritornare le antiche tradizioni, rinnovando l’edificio che ha l’aspetto di oggi, dopo il restauro del 1873 e quello successivo del 1961.