El sector hídrico, como en muchos otros departamentos gubernamentales, existen diversos tipos de corrupción y se desarrollan de distintas maneras, algunos pueden ser desde conseguir un puesto o posición laboral acomodada aun sin tener conocimientos técnicos ni la experiencia necesaria o como "ganar" licitaciones de diversas obras públicas, hasta perforación de pozos de manera ilegal, obtener permisos o concesiones en zonas prohibidas, reservadas o vedadas, también como obtener aprobaciones indebidas de una manifestación de impacto ambiental, obtener fraudulentamente un permiso de construcción, permitir usuarios clandestinos, medición amada de consumos, adquisición ilegal de nuevos derechos de aprovechamientos, simulación de usos, eliminación de contaminantes que se arrojan a los cuerpos receptores o alcantarillados para "cumplir" con las normas o evasión de pagos de contribución. Estos son claros ejemplos de corrupción y muchas veces implican un pago de una cuota fija, el porcentaje de un contrato, dádivas en especie, que, en algunas ocasiones, representan un favor político, beneficia a algún familiar o amistas, o incuso caer en intimidaciones ejercidas externamente.
En el Estado de México, se sabe de muchos ex funcionarios de primer nivel que otorgaron concesiones de agua o que malversaron fondos y que, como sucede en muchos casos, el sistema judicial es muy injusto e imperfecto y muchas veces se deja influenciar por presiones poderosas.

La crisis de gobernabilidad está influenciada por una buena dosis de corrupción, algunos ejemplos son la ausencia o nulos estudios sobre la disponibilidad y demanda usuaria, por fin, la sobre explotación de acuíferos; al existir un manejo deficiente de acuíferos se causan otros problemas como son el hundimiento y agrietamiento de suelos, daños a la infraestructura hidráulica y deficiencias en la calidad de agua. Además, no existe personal suficiente para inspeccionar los aprovechamientos o descargas tanto en modos de uso directo de las fuentes naturales de agua como en los servicios de suministro. En estimaciones de Banco Mundial se sugiere que se está perdiendo del 20% al 40% de las finanzas del sector del agua, debido a prácticas deshonestas y corruptas. 

En el valle de México hay una crisis en los servicios de agua, desde hace 30 años no se han realizado acciones relevantes en el mantenimiento de instalaciones, alguna de ellas con una antigüedad de más de 60 años, aunado a esto, encontramos que el incremento de población ocasiona una sobreexplotación de acuíferos. La falta de mantenimiento ocasiona que se gasten alrededor del 40% del total de recursos destinados a la población. Las fugas hasta cierto punto son normales, sin embargo, en otros países el porcentaje apenas y llega al 20% la perdida, en el caso del Estado de México, de los 125 municipios, más de la mitad no cumplen con la cuota de uso del líquido, lo cual dificulta realizar acciones de mantenimiento en las instalaciones.
Esta situación trae consigo un enorme daño al ecosistema por que ha propiciado la desaparición de manantiales, lagos y múltiples humedales en varias regiones, arrastrando la vida silvestre y la flora de las zonas afectadas. Para dar soluciones a estos problemas ecológicos, se está considerando prohibir la perforación de nuevos pozos, ya que cada vez se escarba más profundo y se saca menos agua, poniendo en riesgo la integridad de generaciones futuras.