Одержавши звістку про смерть Івана Скоропадського у 1722 р., Петро I велів виконувати обов'язки гетьмана полковнику Полуботку з генеральною старшиною, радячись у всіх справах з головою колегії Вельяміновим. Старшина через особливу репутацію порушила клопотання про дозвіл обрання нового гетьмана, але на це прохання довго не було відповіді, і коли старшина дозволила собі нагадати про це клопотання, Петро влітку 1723 року відповів, що справа про обрання гетьмана відкладена на невизначений час: царський уряд підшукує в гетьмани особливо вірну й надійну людину у зв'язку з тим, що від часу першого гетьмана, Богдана Хмельницького, і до останнього, Скоропадського, усі гетьмани виявились зрадниками, і набридати царю з цим питанням не варто, бо управління Україною забезпечене і в справах немає замішання. Іншими словами, Петро не тільки відкладав цю справу, а й забороняв нагадувати про неї.

Полуботок, людина енергійна, пройнята любов'ю до своєї країни, не міг дивитися на все це байдуже. З огляду на те, що приводом для всіх цих порушень старих українських прав служить українське безладдя та зловживання, він прагнув увести порядок та законність в українському управлінні і покласти край старшинським зловживанням, на які посилався цар Петро. Розіслав універсали, які забороняли старшині під страхом суворих покарань використовувати козаків на свої потреби. Зайнявся реформою судових установ, прагнучи попередити хабарництво та зловживання суддів, неправий суд і утиски народу: розпорядився, щоб у судах сільських, сотенних та полкових судив не один суддя або отаман одноосібне, а з ним засідало кілька асесорів для контролю. Нормував апеляції вищому суду на рішення нижчого. Доклав зусиль, щоб ввести порядок у судочинстві вищого військового суду.

Останні роки

Петропавловська фортеця

Полуботок разом із старшиною не переставав також добиватися дозволу на обрання нового гетьмана, скаржився на самоуправства і грубе поводження великоросійських чинів і посилався на статті Богдана Хмельницького проти нововведень. Коли Вельямінов надіслав скаргу на Полуботка, що він протидіє колегії, Петро вирішив ще більше обмежити українське самоврядування і викликав Полуботка з найголовнішою старшиною в Петербург. А щоб в Україні в цей час взагалі було якомога менше старшини і козацтва, розпорядився вивести козацьке військо на південний кордон, ніби для охорони України від татар.

У Петербурзі Полуботок зі старшиною подали цареві прохання про повернення Україні старих прав, посилаючись на те, що за статтями Богдана Хмельницького ніхто не може втручатися в козацький суд, а тепер великоросійська колегія втручається в судові справи, приймає скарги на рішення і таке інше. Одночасно з цим козацьке військо, яке стояло на південному кордоні над рікою Коломаком, відправило цареві свої донесення, в яких скаржилось на різні несправедливості з боку великоруських правителів, на незаконні побори, на тяжкі постої московських військ, які розоряють населення, і просило знову дозволу обрати гетьмана за давніми порядками.

Хоча в усьому цьому не було нічого незаконного, але цар Петро страшенно розгнівався на Полуботка за протидію його планам русифікації. Він наказав заарештувати його і всю старшину, яка була з ним у Петербурзі, і посадити у Петропавловську фортецю. Велів заарештувати також усіх, хто брав участь у складанні коломацьких пунктів, і прислати їх до Петербургу.

 

Згідно з оповідями, Полуботок сміливо докоряв Петра за порушення українських прав, доводив, що гноблення України не приносить йому ніякої честі — значно більше слави правити народом вільним і вдячним, ніж пригноблювати його насильством. Нагадував йому про вірність і старанну службу українців і докоряв царя, що за цю криваву службу він платить їм гнівом та ненавистю: «За все це ми замість подяки одержали тільки кривди та зневагу, потрапили у тяжку неволю, платимо ганебну і нестерпну данину, змушені копати вали та канали, осушувати непрохідні болота, угноюючи їх трупами наших покійників, які тисячами гинули від утоми, голоду, нездорового клімату; всі ці лиха і кривди наші ще збільшились тепер за нових порядків: начальствують над нами московські чиновники, які не знають наших прав і звичаїв і майже неписьменні — знають тільки, що їм все можна, робити з нами». Розгніваний Петро крикнув, погрожуючи Полуботку смертю за таке зухвальство, і велів посадити його в фортецю. Перед смертю Полуботок сказав цареві: «За невинні страждання мої і моїх земляків будемо судитися у спільного і безстороннього судді, Бога нашого: скоро постанемо перед ним, і він розсудить Петра і Павла».

Не маючи підстав для обвинувачення Полуботка за його політичну діяльність — оскільки він керувався, очевидно, бажанням блага своїй батьківщині, — проти нього почали слідство на основі його управління полком і господарських справ — несправедливостей щодо населення і козаків, які тоді водились за кожним із старшини: у скуповуванні козацьких земель, незаконному закріпаченні тощо. Під цим слідством його тримали кілька місяців, і він, не дочекавшись його закінчення, помер у Петропавловській фортеці 29 грудня 1724 р. Незабаром після цього помер і цар Петро (28 січня 1725 р.).

Смерть Полуботка у в'язниці справила глибоке враження в Україні, особливо серед старшини. Полуботка почали прославляти як героя-мученика за Україну. Він був похований на кладовищі в Санкт-Петербурзі при церкві св. Самсона-Прочанолюбця (рос. Церковь Св. Странноприимца Самсона на Выборгской стороне) яка була побудована дерев'яною у кінці 1709 р. на пам'ять Полтавської баталії. Зараз на місці цервки стоїть кам'яний Сампсониевский собор, побудований у 1740 р.).

Спадщина

За легендою Полуботок відправив гетьманські скарби до Лондона, заповівши повернути їх незалежній Україні чи своїм нащадкам. 1720 року син гетьмана Яків за батьковим розпорядженням поклав на рахунок лондонського «Банку Ост-Індійської компанії» барильце золота. До Росії це золото спробували повернути кілька царів, починаючи від Петра I, а від середини XIX сторіччя претензії на скарб гетьмана стали заявляти його нащадки. У 1908 р. 350 його нащадків провели з'їзд у місті Стародубі, відправивши до лондонсього банку 25 представників з вимогами повернути відсотки, які набігли за 200 років розмірі 213 млн. карбованців. У середині 1950-х рр. розшуком скарба Полуботка зайнялась Ін'юрколегія СРСР, а від 1991 р. — влада незалежної України. Нині мова йде вже про суму на внеску Полуботка в 16 млрд. фунтів стерлінгів. Однак службовці банку, спадкоємця «Банку Ост-Індійської компанії», донині ігнорують усі запити, посилаючись на таємницю вкладу та відсутність у претендентів необхідних паперів, що підтвердили б їхні права.