La nueva orientación pedagógica de Francos y Monroy tenías tres objetivos: ciencias, costumbres y religión. De esta forma, se dio conocimiento a los niños adecuado a su edad y se les proporcionaron principios que poco a poco fueron desarrollando ciudadanos con mentalidad distinta a la acostumbrada y quienes en años posteriores serían protagonistas de los movimientos independentistas.

La educación superior en la Ciudad de Guatemala fue el sueño de una sociedad que necesitaba profesionales para impulsar el desarrollo y atender las necesidades de la población. La lucha para que la herencia académica de las universidades de España fuera sembrada en Guatemala inició el 1 de agosto de 1548, mediante un texto que el obispo Francisco Marroquín remitió al rey de España, Carlos II, donde solicitaba la fundación de una universidad.
Con ese intento primario, el obispo requería que enviaran al país un gramático, un filósofo, un teólogo y un canonista, de las universidades de Salamanca y Alcalá. Para ese entonces, un modelo similar a las instituciones de educación superior españolas era la Universidad de México, que contaba con las cátedras de Leyes, Decreto, Cánones, dos de Teología, una de Sagrada Escritura, Artes (Filosofía), Retórica y Gramática; posteriormente, la cátedra de Medicina se fundó en 1574.

Sobre la base de estos preceptos, se expropiaron numerosos bienes a las órdenes del clero regular de la Iglesia católica, ya que era uno de los principales terratenientes y encomenderos conservadores; de esta forma, se eliminaba el poder del clero regular con la expulsión de las órdenes monásticas, se restringía el poder del clero secular y los arzobispos con la eliminación del diezmo obligatorio y los bienes se traspasaban a los líderes liberales.