1798 októberében a skót egyház lelkészévé szentelték. 1790-től 1802-ig különböző konzultációkat tartott, amiknek eredményeképp lefoglalta magát történelmi és filozófiai tanulmányokkal. Mivel nem sok esélyt látott arra, hogy karriert csinálhat Skóciában, ezért 1802-ben Londonba utazott, ahol a Kincardineshire parlament tagja lett és a legtöbb idejét irodalmi munkákra fordította. 1803-tól 1806-ig szerkesztője volt egy nagyszabású folyóiratnak, a Literaty Journal-nak, melynek az volt a célja, hogy átfogó összegzést adjon az emberi ismeret vezető részeiről. Ezalatt az idő alatt a St. James Chronicle-t is szerkesztette. 1804-ben írt egy értekezést a kukorica kereskedelemről, ellenezve a jelentős mértékű gabona kivitelt. 1805-ben közzétett egy fordítást, melynek a címe „An Essay on the Spirit and Influence of the Reformation of Luther.” Év végén elkezdte írni a „The History of British India” című művét, amely 2 év alatt készült el.

Ugyanebben az évben feleségül vette Harriet Burrow-t. Majd vett egy házat Pentonville-ben, ahol az első fia John Stuart Mill 1806-ban megszületett.

1808-ban megismerkedett Jeremy Benthammal, akinek sok éven át hű társa és szövetségese volt. Teljes egészében átvette Bentham elveit és elhatározta, hogy minden energiáját abba fekteti, hogy megmutassa ezeket a világnak. 1806 és 1818 között cikkeket írt az Anti-Jacobin Review-ba, a British Review-ba és a The Eclectic Review-ba. 1808-ban szerkesztője lett az Edinburgh Review-nak, ahol egészen 1813-ig dolgozott, az első ismert cikkét „Money and Exchange” címmel adták ki. 1808-ban két cikke is megjelent az Annual Review-ban, az egyik a „Review of Fox's History”, a másik pedig a „Bentham's Law Reforms”, mely az első publikált cikke volt Benthamról. 1811-ben együttműködött William Allennel - aki egy kvéker és vegyész volt – a Philantropist című folyóiratban.

Szinte minden kiadványban közzétették egy-egy cikkét, fő témái az oktatás, a sajtószabadság és a börtöni fegyelem. Nagy támadásokat indított az egyház ellen a Bell és Lancaster vitával kapcsolatban Részt vett egy megbeszélésen, melynek eredményeképp megalapították a Londoni Egyetemet. 1814-ben több cikket is írt a haszonelvűségről, a jogtudományról, a börtönökről és a kormányról az Encyclopædia Britannica kiegészített ötödik kiadásába.

1818-ban kiadták „A History of British India”-t, amely azonnali sikerre tett szert. Ez változást hozott a Mill életében. A következő évben tisztviselővé jelölték ki az India házba, az indiai levelezés osztályára. Folyamatosan emelkedett a rangja egészen addig, amíg 1830-ban az iroda vezetőjévé nem választották, a fizetése £1900-ra, majd 1936-ban £2000-re emelkedett. 1821-ben megjelent egy nagy munkája a „Elements of Political Economy” címmel. 1824 és 1826 között Mill részt vett a Westminster felülvizsgálatában. 1829-ben megjelent az „Analysis of the Phenomena of the Human Mind.” (=A jelenségek és az emberi elme elemzése).

1831 és 1933 között Mill majdnem teljes egészében elfoglalta a Kelet-Indiai Társaságot, a viták alatt megújították az alapító okiratot, az igazgatói bíróság szóvivője. Sir William Molesworth által alapított London Review-ba írt egy figyelemre méltó cikket, melynek címe „The Church and its Reform,” mely eléggé szkeptikusnak bizonyult abban az időben, s így kárt okozott a folyóiratnak. Az utolsó megjelent könyve a „Fragment on Mackintosh” volt.