Bases del río San Juan: El Río de los Patos, es junto con el Río Castaño el principal componente del Río San Juan, que surge de la confluencia de ambos en los alrededores de villa Corral.

Nacimiento: El río San Juan está formado por la unión de los ríos Castaño y los Patos,en el paraje denominado Las Juntas.A la altura del Horcajo recibe las aguas del Río Blanco. Su fuente es el agua de deshielo níveo. Se alimenta de su cuenca superior donde existen glaciares y campos de nieves en grandes altitudes.

Características: Es el mayor exponente sanjuanino.Atraviesa la provincia en dirección noroeste-suroeste y el noroeste de Mendoza , actuando de línea divisoria entre ambas provincias .

Su régimen es níveo-glaciar.

Atraviesa la Precordillera, irriga los valles de Ullum, Zonda y Tulúm. Su curso es de 500 km de longitud y la superficie de la cuenca de 39.906 km². El caudal medio anual es de 56 m³/segundo.

Utilización: A lo largo de su curso medio e inferior se han construido diversas obras reguladoras de caudales, que dan vida al valle de Tulum.

Desembocadura: Desemboca en el Desaguadero

Este sistema recibe aguas que provienen del deshilo de la cordillera de los andes, pero como atraviesa zonas muy áridas y desérticas el agua en gran parte se evapora o se infiltra, por lo que su caudal es muy escaso e irregular.

Es un sistema hídrico que cumple un rol importante en la regulación y destino en las aguas de la provincia, aunque con un aporte limitado debido al clima seco y características del relieve. Se desarrolla entre la Precordillera y la Cordillera Frontal.

Localización: se destacan el Río Huaco en el departamento de Jáchal y el Río Valle fértil en el departamento del mismo nombre. También están el arroyo de agua negra, el arroyo de agua blanca, el arroyo iglesia, el arroyo ojos de agua, las hornillas y el arroyo los tapones, entre otros.

Utilización: son de gran importancia, ya que sus cursos de montaña aportan agua, aunque sus caudales no son muy abundantes.