La construcción  de este templo dio inicio en el siglo II A.C. y se cree que finalizó   entre el 900 y 1100 d.c. A la llegada de los españoles se encontraba abandonada y con la apariencia, que hasta nuestros días presenta, de un pequeño cerro. Fue el padre Motolinia quien descubre que se trataba de un antiguo teocalli. 

Por su importancia fue objeto de investigaciones de estudiosos como Humboldt, Dupaix y arqueólogos como Manuel Gamio y Enrique Juan Palacios; para 1930 y bajo la dirección del arquitecto Ignacio Marquina se inician de manera formal las exploraciones arqueológicas a través de un  innovador sistema de túneles  que permitieron  determinar las diferentes etapas constructivas de la gran pirámide, así como la localización de pintura mural.