Llevado a la casa de Loyola es operado tres veces sin mostrar “otra señal de dolor que apretar mucho los puños”. Aburrido de su larga convalecencia, pide a su cuñada algunos libros de caballería según su afición a la gloria de las gestas militares. Pero lo único que había eran “Vidas” de algunos Santos y la Vida de Cristo. Iñigo fue descubriendo que en él se alternaban dos tipos de ensueños: en uno estaba allá en la Corte española realizando grandes proezas caballerescas para la dama de sus amores; y en otro, quería ser como San Francisco y Santo Domingo y hacer grandes obras por Cristo. 

Sus experiencias mundanas del hombre de corte y de hombre de armas quedan reducidas a algo muy pequeño comparadas con la aventura caballeresca de encontrarse con nuestro Señor. Así llegó Iñigo a conocer la diversidad de los espíritus que lo agitaban. Fue el comienzo del “discernimiento de espíritus” y el de su conversión.

Sale a Peregrinar a Jerusalén y pide una autorización de la Santa Sede para visitar tierra Santa.

Cambio radical en su vida con rigurosa penitencia, a ejemplo de los santos, en reparación de su vida pecadora. Cambia su ropa fina de noble por el sayal pobre del peregrino de su época. Por el camino visita un Santuario Mariano y consagra su vida a Dios. 

En el monasterio de Monserrat, decide hacer su “vela de armas”, donde, despojándose de sus vestiduras mundanas, se hace peregrino por el Señor. purifica el alma mediante una confesión general de toda la vida.

Al amanecer, deja el monasterio y, tranquilamente, vuelve a descender la montaña rumbo a Manresa. Varios meses pasará Iñigo en este santuario dedicado a la oración, el ayuno y la penitencia.

En este período, Ignacio recibe como un don muchas gracias espirituales y luces interiores que solidificarán mucho su fe. Hay un período de paz y de gran tranquilidad, otro de durísima lucha interior, con dudas y escrúpulos y reconoce una gran devoción por la Santísima Trinidad, a la presencia de Jesús en la Eucaristía.

En medio de sus ayunos y penitencias, donde Iñigo, en cierta manera hace su primera semana de Ejercicios, descubre que él puede hacer bien a las almas.

En esta tercera etapa se completa el proceso propiamente dicho de la conversión. No se trata de un cambio de dirección de la vida, ni de la comunión eclesial, sino de un cambio entero de la persona, de una integración de la totalidad de la persona en la orientación de la vida hacia Dios, pero en el mundo. 

El proceso de conversión en Ignacio lleva consigo una apertura sobre la vastedad del mundo. Quedará eso definitivamente incorporado en el carisma que él legará más tarde a la Compañía de Jesús.

A pesar de la dificultades y contratiempos, no dudará en emprender los estudios más serios de su época hasta adquirir un título universitario.

Surge también la necesidad de crear un equipo apostólico. Ya en España, en su período de estudiante, comienza Ignacio a descubrir la necesidad de trabajar con otros y compartir con otros su experiencia apostólica. Los fracasos no lo desaniman en esta materia. Después de diversas experiencias, logra finalmente en París crear un grupo de “amigos en el Señor” para trabajar con ellos por el Reino de Dios.

 

Con una paciencia y una visión sobrenatural va formando a sus compañeros y templándolos en el espíritu de generosidad y de discreción.

A San Ignacio le toca vivir en pleno período de la Reforma y conoció mejor que nadie la corrupción de las estructuras eclesiales.

Fruto de esta experiencia es el voto especial de obediencia al Papa, que fue le primer fundamento de la Compañía. Del Vicario de Cristo esperaron los primeros compañeros formados por Ignacio las misiones para ser esparcidos por la tierra.

La discreta caridad, fórmula tan querida por San Ignacio, pasó de las exterioridades, de lo aparente y vistoso a un servicio humilde y universal, hecho con otros compañeros para servir a las almas por amor profundo a nuestro Señor Jesucristo.

San Ignacio cambió el sentido de muchas de sus grandes actitudes, pero su naturaleza íntima permaneció en el soldado de Pamplona, en el Fundador y en el Superior de la Compañía.

Hay aquí un aspecto importante para la sicología de la conversión: ser santo, seguir a Cristo no significa dejar de ser uno mismo u olvidar sus raíces, su temperamento y su historia.