D'altra banda, també va descobrir que les vacunes podien evitar el desenvolupament de la malària. Va participar en el desenvolupament d'una vacuna contra la malària, RTS,S, una de les vacunes més avançades actualment. A més a més, Pedro Alonso ha creat el Centre d'Investigació en Salut de Manhiça (CISM) amb l'ajuda d'altres organismes, l'Hospital Clínic de Barcelona, l'Agència Espanyola de Cooperació Internacional per al Desenvolupament (Aceid) i el Ministeri de Salut.

Finalment, també forma part del Programa Mundial de Malària de l'OMS, on s'encarrega de coordinar i controlar les mesures i esforços per eliminar aquesta malaltia.

El descobriment de l'eficàcia de les mosquiteres va ser determinant en la mortalitat de la malària, on ha suposat la reducció de quasi sis milions de morts, especialment en nins africans.

D'altra banda, la vacuna RTS,S ha estat considerada l'única de totes les que s'han desenvolupat capaç de reduir els casos de malària en la població infantil en un 40%. Aquesta vacuna s'ha d'administrar en quatre dosis a partir dels cinc mesos d'edat. Es va començar aplicant en Ghana, Kenya i Malawi des de 2019 en el Programa d'Administració de la Vacuna Antipalúdica, i en 2021 va ser recomanada per l'OMS. Amb la seva utilització, les hospitalitzacions per paludisme varen disminuir i la mortalitat infantil es va reduir un 13%.

Cinchona officinalis, anomenat quino o arbre de la quina, és una espècie d'arbre originari d'Amèrica del Sud que es troba en la selva plujosa de l'occident de l'Amazònia i l'orient de la serralada dels Andes. Una de les seves propietats més importants són els seus alcaloides naturals, entre els quals destaca la quinina, que té propietats antipirètiques (disminueixen la febre), antipalúdiques (prevenen la Malària) i analgèsiques. És expectorant i millora els problemes respiratoris.

La seva vacuna, coneguda com a SPF66, va ser una de les primeres vacunes experimentals contra la malària i es basa en fragments sintètics de proteïnes del paràsit.

A més de la seva contribució a l'àmbit científic, Patarroyo ha estat un defensor actiu de la lluita contra la malària a escala global, advocant per la importància de la investigació i la col·laboració internacional en la prevenció i control de la malaltia. El seu treball ha inspirat altres investigadors i ha contribuït significativament als esforços per erradicar la malària a tot el món.

Encara que ja no és la primera opció per al tractament de la malària en l'actualitat, es pot utilitzar en certs casos. Els medicaments més moderns i específics solen ser l'elecció preferida a causa de la seva eficàcia i menor toxicitat. No obstant això, en situacions en què aquests medicaments no estan disponibles o no són adequats, la quina pot ser considerada com una opció de tractament eficaç contra la malària.

D'altra banda, la ingesta de quina en dosis no controlades pot provocar mal de cap, erupcions, nàusees, soroll en les orelles i alteracions en el ritme cardíac.

Alguns estudis inicials van suggerir que la vacuna SPF66 podria ser capaç d'induir una resposta immune efectiva contra el paràsit causant de la malària, cosa que podria portar a una reducció significativa a la incidència de la malaltia a les poblacions en risc. Tanmateix, altres estudis posteriors no han aconseguit replicar aquests resultats de manera consistent, cosa que ha generat dubtes sobre l'eficàcia de la vacuna.

D'altra banda, la vacuna RTS,S també ha tengut impactes positius i negatius. En primer lloc, ha ajudat a reduir els casos de malària en un 39%, cosa que ha salvat la vida de milers de nins. No obstant això, aquesta vacuna ha provocat una gran preocupació a causa d'una major mortalitat en nines que en nins, a més de l'augment de casos de meningitis i malària cerebral. A més a més, aquesta vacuna és difícil d'aplicar en els països poc desenvolupats, que són els més afectats per aquesta malaltia, ja que requereix quatre dosis i té un cost molt elevat.

D'altra banda, algunes de les dificultats que va enfrontar Patarroyo en la creació de la vacuna contra la malària van ser la complexitat del paràsit de la malària, el Plasmòdium, a causa de la variabilitat genètica i complexitat biològica i els recursos limitats, ja que, tot i el suport institucional, Patarroyo va enfrontar limitacions en termes de recursos financers i tecnològics per dur a terme les seves investigacions.

Tot i això, les investigacions continuen en curs i és possible que en el futur s'aconsegueixi millorar l'eficàcia de la vacuna i convertir-la en una eina efectiva per prevenir la malària. De moment, però, les possibilitats reals de la vacuna de Patarroyo contra la malària són limitades i es necessiten més investigacions i proves clíniques per determinar-ne l'eficàcia completa.

La nova vacuna R21/Matrix-M estarà disponible per als països a mitjan 2024, i les dosis costaran entre dos i quatre dòlars (1,9 i 3,8 euros), segons l'OMS. El problema que s'interposa entre la vacuna i la població afectada és l'economia. La majoria de persones tenen una capacitat econòmica extremadament limitada, per la qual cosa l'adquisició d'aquesta vacuna els podria resultar molt complicada.