A:為了只專注在Ki-67上，文中皆為採用nocodazole ＋ flavopiridol的方法，所以紡錘體的出現可能會造成其他變化，對於Ki-67如何與正常染色質互相協調，還有待探討。

A1:磷酸化能改變蛋白質的帶正電性，因此其主要使染色體互相分離的原因是主要是由帶電性產生的相斥導致

Q2: 和Ki-67結合的pre-mature RNA是有哪一種特定的RNA嗎，還是是隨機任一種？

A2: 目前能確定的就是那是pre-mature RNA無法確定是特定哪一種

A: Ki-67可以recruit RNA到condensate中，並進一步協助染色體完成聚集。

A:除了本篇提到的Ki-67，目前還有發現condensin以及cohesin也會參與在染色體的聚集分離。

A:等待作者回答

Q:是否不一定要通過dephosphorylation CP也可以通過直接改變電性影響Ki-67與染色體的交互作用與condensate formation

A:對，因為在研究中作者還沒有做出實驗可以直接證明染色體的聚集和Ki-67 condensate formation是因為 CP dephosphorylation導致的

A：作者並未詳細提到這部分，確實在正常生理情況下並不會有所有位點都產生磷酸化的情況。

A:有沒有其他修飾不確定，但作者在此篇文章除了磷酸化沒有看其他的修飾

A:應力纖維並分直接與老化有關係，而是代表肌肉損傷的一種指標

A1: 待講者補充

Q2: cKO的c代表什麼?

A2: c代表condition，knock out小鼠是在有注射tamoxifen的狀況下才會產生knock out的作用

A: 當細胞距離越近代表相似度越高，這兩個數值其實是相對值，0當成最中間，數值越大代表離得越遠。tSNE是一種變換高維數據的座標軸，可以把高維空間分佈到x和y軸。

A:Ctx建立的是急性肌肉損傷模型，而甘油則是慢性肌肉損傷模型，對於兩種處理造成肌肉損傷詳細的mechanism待講者回去做功課後回答。

A:Ror2 flox/flox 為 Ror2 基因兩側有 loxP的小鼠，在有Cre recombinase activation的情況下，loxp之間的基因可以被剃除，而Pdgfrα-CreER可以使Cre表現在MPs中，以tamoxifen 控制Cre的activation可以看Ror2在MP中的功能

Q1:Tamoxifen可促使實現 MPs 特異性的 Ror2 基因敲除。使cKO的效果更顯著。

Q2:而Pdgfra這段promoter對細胞的特異性是如何運作的？

A2:待講者整理

A:可能原因如下。1、先前研究中常用 :TA muscle在肌肉退化和再生研究中經常被研究，因為它易於注射glycerol或cardiotoxin。2、結構均勻單一:其相對均勻的結構使其更容易在組織學研究中分析肌纖維橫截面積、纖維化和脂肪堆積

A:在衰老細胞內，由於 Lysosome 增加，βGal 表達上升，可催化 SPiDER-βGal 進行水解反應產生螢光訊號被偵測。

A:CCCP 會攜帶質子進入內膜，使膜電位下降，而導致粒線體受損後氧化壓力增加，造成 Parkin ，但更詳細機制可能要講者補充

A1: 作者想雙重確認DFP誘導的的PINK1/Parkin pathway有成功的導致mitophagy

A: 不是，此時已經在粒線體中，並不是lysosome，所以也不用特別調pH。

A:將去除細胞核的細胞利用sucrose進行比重分層，最下層的就會是粒線體。由於是用比重分，所以純度不高，只是該部分粒像體比例較高，還是有可能會受到細胞質的影響。

A: ABCB7為運輸 Fe-S cluster 的關鍵因子，而在iron chelation時，Fe-S cluster的不足會影響TOM/TIM channel使DELE1無法進入粒線體基質被degrade，使DELE1停留在粒線體內外膜間隙中被OMA1切割後釋放出s-form DELE1到粒線體外活化HRI kinase啟動ISR

A:因為GADD34只有在ISR被啟動時才會高度表現，而CReP在細胞正常狀態下就可以調控p-EIF2a濃度，因此可以證明在figure3D的mitophagy會降低不是因為ISR的影響，而是因為p-EIF2a被去磷酸化

A:是相同的，在這篇作者所使用的cell line分別為子宮頸癌及白血病的細胞株，所以是走相同的pathway。

A:因為其他分支(PERK、PKR、GCN2)雖然也能p-EIF2α，但只有 HRI 所生成的 p-EIF2α會明顯累積在粒線體上。以及HRI 被 OMA1/DELE1 所活化，這一通路直接來自粒線體感知到壓力的反應，像是 DFP 或 CCCP 引發的粒線體損傷。

A: 內圈是把fig 3c中篩選出的11個基因呈現出來，原本想看這些基因所在的位置有沒有特別，但結果來看是平均分佈的。

A:阿茲海默症有可能有相關，這要看基因方面的表達。因為男性的Xm都是由maternal所提供，因此若是都表達Xm Chromosome的話則也會有這方面的問題。

A:主要都和免疫有關

A:海馬迴擔當著關於記憶，以及空間定位的作用，且在X 偏斜之其他細胞例如肌肉細胞等，未有明顯差別

A: 觸發兩個的路徑的壓力種類不同，觸發PINK1/PARKIN的主要是粒線體膜電位的改變，觸發HRI的主要是缺氧

A:待講者補充資料

A:將Xm與Xp中基因表達量取平均值，以平均值為零，尋找在Xm與Xp上調及下調的基因。

A:APEX2被設計成只與被標記的binding，而作者為了更近一步確認結合之專一性，還有另外做實驗確認結合之蛋白質種類，結果顯示為結合專一性高

A: 作者在前一個實驗中分析出了前10%的partitioned ratio，猜測是從這前10%當中最高的去做挑選

A:作者會針對想研究的特性去特別挑選出實驗所使用的蛋白質。例如在fig 3c中，因為需要對序列進行更動，而HTATSF1被研究的較多，IDR序列較明確，所以選用其進行實驗。

A:KD就只是降低表達量，還是會有CENPF的表達，所以還是促進轉移。

A:驅使細胞可以往有營養物質的方向移動

A:兩者的差別在於一個是 in vitro 一個 in vivo

A:未特別說明如何定量，但有提到為人工，多次數病灶數量。

A: 因為cysteine結構中有S-H，替換成Serine後較不容易形成共價鍵也就是說不太和CENPF交互作用，透過這樣的方法來確定是否是透過這個位點來調控CENPF

A: 想看他有沒有脫靶效應，所以又做了CENPF2這個knockdown的組別。

A: 同樣都是透過APEX標定目標的蛋白，只是兩個方法是使用不同的substrate，Proximity Biotinylation 是使用biotin-phenol，Electron Microscopy則是使用DAB，且是用電子顯微鏡進行觀察，但作者在本篇並未提到為什麼是使用Proximity Biotinylation。

A:本篇作者想表示的應是只要是同類型的IDR就可以進入同類型的comdensate，但他還沒有在其他蛋白質中確認過

A:這三種細胞分別是大腸癌不同癌症階段的細胞，SW480是中早期，DLD1是中晚期，而HCT116是具侵略性的晚期大腸癌細胞

A: 看補充資料中序列應該是全部都換掉

A:不會不公平，因為隨著血流方向，脾臟後所到達的第一個器官即為肝臟，以肝臟轉移相互比較是沒問題的

A:沒有

A:有試過，但與WT沒兩樣

A: 因為F的整體結構較穩定，所以作者不想影響到L288F，就沒有再找其他的位點。

A:應該用預防新生的角度去看，因為所有果蠅都是有Httex1被overexpression的。

A:Ataxin3 與huntingtin protien 一樣有polyQ的domain，且Ataxin3也與神經退化性疾病有關。

A:由於圖F可以直接看出它形成cluster like的結構，因此作者推測其螢光強度降低是由於產生fibril。

A:作者沒有進一步測試「一個分子上有兩個 β-hairpin」但不dimerization的狀態，來真正驗證「幾何構型」對功能的貢獻。

A: 是一種螢光標記染料，用來標記 DNAJA2 蛋白，以便後續透過fluorescence anisotropy實驗測量其與 p53 蛋白的結合強度。

A: 蛋白溶在D2O裡面，去看他的energy，有沒有重氫被change掉，他如果是包在裡面的，就會很慢才被暴露出來。

A:可能標記不好，或在裡面無法接觸到 D₂O

A:因mutant Huntington protein被切成短片段時，polyQ 區較容易形成 β-sheet 堆疊而形成聚集體。

A:可以，有其他的chaperon替她抓住misfolding protein他仍然可以解開

A:在detect protein的抗體上可能帶有螢光訊號讓抗體bind 的protein越多螢光訊號越強

A: HSP70會透過結合在在HSP40結合位上改變HSP40的結構來將p53釋放

A:因為影響了疏水性及分子之間的引力，導致無法有interaction形成dimer。