Pendidikan di Malaysia adalah suatu usaha berterusan ke arah memperkembangkan lagi potensi individu secara menyeluruh dan bersepadu untuk mewujudkan insan yang harmonis dan seimbang dari segi intelek, rohani, emosi dan jasmani berdasarkan kepercayaan dan kepatuhan kepada Tuhan.
 Usaha ini adalah bagi melahirkan rakyat Malaysia yang berilmu pengetahuan, berketerampilan, berakhlak mulia, bertanggungjawab dan berkeupayaan mencapai kesejahteraan diri serta memberi sumbangan terhadap keharmonian dan kemakmuran masyarakat dan negara.

Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Pahang terletak dalam daerah Rompin, di Bandar Muadzam Shah diatas tanah seluas 14 hektar. Mula menerima pelajar pada 26 Februari 1996. Kumpulan pertama pelajar yang mendaftar pada hari tersebut ialah seramai 133 orang. Manakala bilangan tenaga pengajar pula seramai 13 orang. Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Pahang adalah SMKA kedua di negeri Pahang selepas Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Tengku Ampuan Hajjah Afzan, Jerantut Pahang dan merupakan Sekolah Menengah Kebangsaan Agama yang ke 46 di Malaysia.

Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Pahang terletak di Bandar Muadzam Shah iaitu laluan jalan raya Kuantan- Segamat kira-kira 70 km ke barat bandar Kuala Rompin.Mula ditubuhkan pada 1995. Di bawah pentadbiran pengetua Puan Hamimah Abd. Rani, sekolah ini menawarkan aliran sains, perdagangan dan agama.

Pelajar yang masuk adalah dipilih khas oleh Jabatan Pelajaran Negeri Pahang dan pemohon perlu berurusan dengan JPNP. SMKAP menawarkan tempat dari tingkatan satu sehinggalah ke tingkatan enam.

Pembelajaran di SMKAP sama sahaja dengan sekolah lain; meliputi subjek Biologi, Fizik, Kimia, Matematik Tambahan, cuma beberapa subjek tambahan seperti Pendidikan Al-Quran dan Sunnah, Pendidikan Syariah Islamiah dan Bahasa Arab. Untuk perhatian bagi pelajar SPM akan mengambil 12 mata pelajaran manakala pelajar PMR sebanyak 10 mata pelajaran. Malah pelajar boleh memilih jurusan perakaunan bagi tingkatan 4-5 sekiranya berminat.

Namun begitu, di SMKAP, pelajar tingkatan enam hanya ditawarkan aliran agama sahaja.Di antara kelebihan belajar di SMKAP ialah penekanan terhadap cara hidup Islam, solat jemaah, ceramah, kuliah maghrib, pengajaran kemahiran Al-Quran, kelas tajwid dan lain-lain kemudahan sama seperti di sekolah berasrama penuh.

Bermula pada tahun 2006, SMKAP dinaiktarafkan sebagai sebuah daripada sekolah bestari di Malaysia menurut perancangan fasa ketiga pembangunan sekolah bestari Kementerian Pelajaran Malaysia.

SMKAP telah di iktiraf sekolah kluster kecemerlangan (SKK) pada tahun 2014.