Según Paricagua, luego de la preparación noche antes del Intiwatana, una vez llegado al lugar, los ceremoniantes ritualistas yachachej o maestros solicitan permiso al lugar para poder ofrendar la encomienda a los ancestros, al Tata Inti Willka, y todos los achachilas. Luego se continúa con el preparado de la ofrendaque puede ser con wilancha o sacrificio de sangre, para lo cual se utiliza una llama.

De las intihuatanas que se han conservado, las más destacadas se hallan en los sitios arqueológicos de Písac y Machu Picchu.​ En este último lugar, el monolito forma parte del grupo intihuatana junto con cuatro terrazas y dos recintos del tipo huayrana, dentro del sector sagrado construido sobre un montículo natural dándole un aspecto de tronco piramidal y en cuya cima se encuentra la intihuatana de Machu Picchu. El 8 de septiembre del 2000, al grabarse un comercial publicitario de cerveza Cusqueña, una grúa utilizada cayó sobre la intihuatana de Machu Picchu, rompiendo cerca de 8 cm de la punta. El caso llevó a una demanda por parte del INC y la solicitud de la respectiva indemnización, en el 2005.​