As grutas normalmente têm origem em terrenos constituídos por rochas sedimentares, sendo que também podem ter origem em rochas metamórficas e magmáticas. Para a existência de grutas é necessário que ocorram processos geológicos que envolvem tanto transformações químicas como transformações físicas, sendo que as reações químicas têm uma maior influência do que as reações físicas. 

Como o ambiente das grutas é muito raro o seu ecossistema irá apresentar uma fauna muito especializada, porque só mesmo animais que têm a capacidade de viver em ambientes noturnos e sem vegetação, como os morcegos é que costumam habitar nas grutas.

 Como já se viu ainda há pouco, a formação de uma gruta depende do trabalho químico e físico das águas subterrâneas e propriedades físicas do terreno.

As diáclases podem ter origem na atividade sísmica devido ao movimento das placa tectónicas, como também podem ocorrer devido ao alívio de pressão e erosão das rochas que são adjacentes em cima(Esfoliação), fazendo com que a rocha frature criando deste modo diáclases.

Ao cair, a água da chuva (H2O), imediatamente vai reagir com o dióxido de carbono presente na atmosfera (CO2), formando o ácido carbónico (H2CO3).

Posteriormente sendo o calcário constituído por um mineral bastante reagente aos ácidos por ter um elevado grau de efervescência chamado calcite, por consequência o calcário quando contacta com as águas infiltradas bastante acidificadas ocorre a carbonatação donde resulta bicarbonato de cálcio dissolvido em água, e à medida que esta solução circula lentamente por entre as diáclases o calcário posteriormente vai ser dissolvido.

Já mais para o fim, as fendas vão alargando e ligando-se umas às outras formando canais subterrâneos cada vez maiores, formando assim as tais ditas grutas.