Luego de esto se conformó una Junta Revolucionaria de Gobierno (JRG). Sin embargo, la represión se incrementó después del golpe de estado. El nivel de violencia en octubre se elevó tres veces más que del nivel en septiembre, luego de una breve pausa la violencia alcanzo cinco veces más los niveles que alcanzo en el pasado, en los meses sangrientos del gobierno del general Romero.

A finales de diciembre, el gabinete civil le dirigió un ultimátum al COPEFA para salvar el proceso de reformas.

La ultima paradoja posterior al golpe de octubre es que, a pesar de la fuerza sin procedentes del movimiento reformista y de la coalición construida alrededor de los oficiales jóvenes, el proyecto reformista fallo en su desafío a las clases altas y a los privilegios militares. Este reto llevo a la formación de una alianza defensiva entre los oficiales de alto rango de la Fuerza Armada y los miembros de las unidades más represivas del ejército, como lo eran los cuerpos de seguridad.

Estos asesinatos fueron acompañados por casi doce mil más. La mayoría o fueron capturados y ejecutados por escuadrones de la muerte o asesinados en masacres realizadas por fuerzas gubernamentales en las áreas rurales.