La capacidad de recuperación diseñada en NTFS es tal que un usuario nunca debe tener que ejecutar ningún tipo de utilidad de reparación de disco en una partición NTFS.

Actualmente, no hay cifrado de archivos integrado en NTFS. Por lo tanto, alguien puede arrancar en MS-DOS u otro sistema operativo y usar una utilidad de edición de disco de bajo nivel para ver los datos almacenados en un volumen NTFS.

No es posible dar formato a un disquete con el sistema de archivos NTFS; Windows NT da formato a todos los disquetes con el sistema de archivos FAT porque la sobrecarga que implica NTFS no cabe en un disquete.

Una ventaja adicional, que todavía no lo beneficia, es que FAT32 puede manejar discos duros de hasta 2 terabytes (TB); es decir, de 2.000 GB. 

Otra limitación es que FAT 32 no es compatible con el programa de compresión DriveSpace, que viene con Windows. Si convierte el disco a FAT 32, no puede comprimirlo con DriveSpace; además, no puede convertir a FAT 32 un disco que está comprimido con DriveSpace.
Finalmente, después de pasar el disco a FAT 32 dos procesos se harán más lentos que en un disco con FAT 16: usar Windows 98 en modo a prueba de fallos y Desfragmentar el disco duro.

• Las utilidades de recuperación de archivos eliminados intentan tener acceso directamente al hardware, lo que no se puede hacer en Windows NT. Sin embargo, si el archivo estuviera en una partición FAT y se reiniciara el sistema en MS-DOS, se podría recuperar el archivo

• El sistema de archivos FAT es el más adecuado para las unidades y/o particiones de menos de 200 MB aproximadamente, ya que FAT se inicia con muy poca sobrecarga

• No es posible establecer permisos en archivos que estén en particiones FAT.

• La seguridad de los archivos no es la ams confiable, ya que todos pueden acceder a ella.