Cuando fuerzas del Brasil invadieron Uruguay en apoyo del Partido Colorado, tropas paraguayas capturaron un barco brasileño y atacaron el Mato Grosso. Mientras tanto, la guerra civil en Uruguay finalizó con la victoria del Partido Colorado.

En febrero de 1865, el presidente paraguayo, Francisco Solano López, pidió autorización a Mitre para atravesar el territorio argentino y pasar a Uruguay. Pero Mitre, que era aliado del gobernante Partido Colorado, negó ese permiso por lo que tropas paraguayas invadieron la provincia de Corrientes.

Ante esta agresión, el 1 de mayo de 1865 la Argentina, el Imperio del Brasil y el Uruguay conformaron la Triple Alianza, que se propuso derrocar al presidente Solano López.

Los aliados debieron pelear varias batallas crueles y sangrientas para expulsar a los paraguayos de Corrientes y Mato Groso y para poder ocupar Asunción del Paraguay, en enero de 1869. Pero Solano López no se rindió y encabezó una resistencia desesperada con soldados adolescentes hasta que fue muerto en Cerro Corá, a principios de 1870.

Este medio de transporte, así como las otras compañías inglesas instaladas en Montevideo, generaron una corriente de antipatía popular por sus elevadas tarifas y deficientes servicios. El monopolio que usufructuaba el ferrocarril, la empresa de aguas corrientes, la del gas y el oligopolio de las compañías de seguros, contribuyeron a fomentar dudas en la clase política ya en 1890 acerca de los beneficios que acarreaba al Uruguay el capital extranjero no vigilado por el Estado.

Franceses, italianos y españoles hasta 1850, italianos y españoles luego, llegaron en 4 o 5 oleadas durante el siglo XIX. La inmigración fue temprana en relación a la más tardía que arribó a la Argentina, y sobre todo fue cuantiosa en relación a la muy pequeña población existente en 1830. De 1840 a 1890, Montevideo poseyó de un 60 a un 50 % de población extranjera, casi toda europea. El Censo de 1860 mostró un 35% de extranjeros en todo el país, y el de 1908 redujo esa cifra al 17%.

Los europeos - y brasileños - , con valores diferentes a los de la población criolla, sobre todo los primeros, más proclives al espíritu de empresa y al ahorro; protegidos por sus cónsules durante las guerras civiles y recompensados siempre por sus pérdidas por el estado uruguayo amenazado desde el exterior, se convirtieron hacia 1870-1880 en los principales propietarios rurales y urbanos, como poseían el 56% del total de la propiedad montevideana y el 58% del valor de la propiedad rural.

Los inmigrantes europeos fueron también los iniciadores de la industria de bienes de consumo al grado que en 1889 controlaban el 80% de esos establecimientos. Los inmigrantes, hostiles por lo general a las disputas entre blancos y colorados, exigieron la paz interna.

La estructura económica se modificó. El ovino se incorporó a la explotación del vacuno en la estancia de 1850-1870. De acuerdo al censo de 1852, la existencia ovina se reducía a 800.000 cabezas que daban de 400 a 500 gramos de lana criolla por cabeza, sólo apta para colchones. En 1868 la existencia se estimó en 17 millones que rendían 1,150 gramos de lana merino por cabeza, pues ya se había iniciado el mestizaje con ejemplares procedentes de Francia y Alemania. La lana suple al cuero como principal producto de la exportación uruguaya en 1884 de ahí en adelante, hasta que apareció con vigor la carne congelada en 1910-1920, la lana fue el principal rubro de ventas al exterior.

Esta transformación fue ambientada por el alto precio de la lana en el mercado internacional, debido sobre todo a la desaparición de la fibra competitiva, el algodón, a raíz de la Guerra de Secesión en los Estados Unidos (1861-1865).

El ovino que podía ser explotado en campos de pasturas de calidad inferior y exigía 5 veces menos tierra por unidad que el vacuno, sirvio de base al desarrollo de la clase media rural. También requería en los comienzos, un incremento de mano de obra. El estanciero poseía ahora además del vacuno criollo que casi solamente adquiria valor por su cuero, el lanar, que el mercado europeo siempre compraba a buen precio.

Por esa razón, y por ser su nombre uno de los emblemas de la política más agresiva y cerrada a todo diálogo del Partido Colorado, Lorenzo Batlle debió enfrentar un serio movimiento insurreccional en su contra, preparado desde la Argentina por elementos del Partido Blanco dirigidos por el legendario y respetado caudillo Timoteo Aparicio: la "Revolución de las lanzas", que se desencadenó en 1870 y que por poco lo derrota y expulsa del poder.

El conflicto, que se extendería hasta 1872, fue una de las guerras civiles más prolongadas y sangrientas del siglo xix uruguayo. Interpretado durante muchos años solamente a la luz de las divisas en pugna por el poder, las modernas tendencias historiográficas han encontrado también en la Revolución de las Lanzas un enfrentamiento entre dos universos distintos que coexistían en el mismo país: el urbano, portuario, europeizado y comercial, representado por Montevideo y el Partido Colorado; y el rural, mediterráneo, autosuficiente y ganadero, representado por la campaña (aún no controlada por un estado en vías de consolidación) y el Partido Blanco.

Tras los sucesos de violencia entre sus partidarios y la oposición popular -apoyada esta última por varios jefes militares entre los que sobresalía el Coronel Lorenzo Latorre- el 15 de enerode 1875 renunció a la Presidencia y se retiró a Buenos Aires, donde vivirá varios años. Fue sustituido por Pedro Varela.

Sistema judicial y registral

También produjo una alteración del aparato jurídico sustituyendo a los alcaldes por jueces letrados departamentales. Simultáneamente se aprobaron los Códigos de Procedimiento Civil e Instrucción Criminal en 1878, así como el Código Rural y la creación del Registro de Embargos e Interdicciones. En 1879 se aprobó la Ley de Registro de Estado Civil, con la cual pasó a manos del Estado una función realizada hasta el momento por la iglesias

Transformación del campo

En materia económica, y para mejorar las condiciones del campo, Latorre se cercioró de la consolidación del derecho de propiedad privada mediante el Código Rural de 1879, que establecía la medianería obligatoria, lo que le dio un enorme impulso al cercamiento de los campos. Estableció la Oficina General de Marcas y Señales de Ganado, en la que debía solicitarse las marcas de ganado para evitar repeticiones y fraudes y asegurar la propiedad del ganado. Otra medida que se implantó como ayuda para consolidar el orden interno en la campaña, fue la autorización dada a los grandes propietarios para establecer policía particular a cargo del comisario. El alambre consolidó el régimen vigente de la propiedad de la tierra. En segundo término, eliminó al minifundista ganadero y provocó la primera desocupación en el país, al eliminar el trabajo de muchos peones, agregados y puesteros. Esto provocó su concentración en los suburbios de los poblados, de ciudades del interior y en Montevideo, dando origen a lo que se empezó a conocer como rancheríos. En el campo los cambios que se produjeron fueron derechos de propiedad privada, oficina general de marcas y señales de ganadería.

Reforma educativa

Una de las reformas más importantes durante el gobierno del Coronel Latorre fue la educativa, encomendándola a José Pedro Varela, quien se encontraba a la vanguardia en materia de las nuevas corrientes pedagógicas. Creó la Escuela de Artes y Oficios, llamada más tarde Escuela Industrial y luego Universidad del Trabajo del Uruguay (UTU). También creó el Hospital para enfermos mentales.

Tras la renuncia de Latorre, Vidal fue elegido Presidente de la República en 1880 por la Asamblea General, para el período que concluía el 1 de marzo de 1883 pero renunció en 1882, a pesar de faltar un año para terminar el período constitucional. La propia Asamblea eligió al general Máximo Santos para un período de cuatro años. 

El 1 de marzo de 1886 asumió nuevamente la Presidencia Constitucional de la República para un nuevo período de cuatro años pero renunció nuevamente en mayo de ese año, para darle lugar al presidente del Senado y general en jefe de los ejércitos de la República, general Máximo Santos. Finalizó su carrera como diputado por Paysandú.

El 18 de noviembre del 1886, al presentar renuncia Máximo Santos a la Presidencia, tras la formación del Ministerio de la Conciliación, el parlamento nombró a Tajes, que para entonces seguía ocupando el Ministerio de Guerra y Marina, como Presidente de la República para completar el segundo período constitucional de Francisco Antonino Vidal Silva, iniciado el 1 de marzo de 1886 y que concluía el 1 de marzo de 1890.

Su gobierno estuvo marcado por el progresivo desmantelamiento de los signos más ostensibles del militarismo que con su administración se retiraba (proceso en el cual tiene una importancia clave la figura de su Ministro de Gobierno, Julio Herrera y Obes). El 27 de diciembre de 1886 fue disuelto el Batallón 5.º de Cazadores, símbolo del régimen de Santos y verdadera policía política de este. Muy poco tiempo después, el propio Santos, que se había ausentado del país, intentó regresar, siendo impedido por una ley de destierro votada por el parlamento el 28 de enero de 1887.

Enfrentó una crisis financiera desde 1890 debida a factores internos (bancarrota de bancos, sequías, plagas de langostas, balanza comercial desfavorable) y factores externos (proteccionismo de Brasil, crisis económica en Argentina, baja del precio de productos nacionales). Se creó el Banco Hipotecario del Uruguay a partir de la sección hipotecaria del quebrado Banco Nacional.

Ministro de Hacienda en 1880, durante la presidencia de Francisco Antonino Vidal Silva, lo siguió siendo durante la presidencia de Máximo Santos, hasta que este lo designó Ministro de Justicia, Culto e Instrucción Pública (1884 a 1886). También fue senador y diputado.

Perteneció al grupo de los "Colectivistas" que rodearon a los presidentes Julio Herrera y Obes y Juan Idiarte Borda durante sus mandatos, y que monopolizaron los cargos políticos por medio de la manipulación electoral, mereciendo las críticas de la oposición nacionalista (Eduardo Acevedo Díaz) y colorada (coloradismo popular de José Batlle y Ordóñez).

Dentro de Uruguay fue Presidente de la República durante dos periodos: 1903-1907 y 1911-1915.

Su participación política en el Partido Colorado lo llevó en 1887 al cargo de jefe político del departamento de Minas, y en 1891 diputado por el departamento de Salto. Luego formó parte del Consejo de Estado del gobernante Cuestas, y fue electo senador en 1898. Siendo presidente del Senado, ocupó de forma interina la presidencia de la República entre el 14 de febrero y el 10 de marzo de 1899.

Williman fue elegido por Batlle para sucederlo ya que a los presidentes uruguayos les estaba constitucionalmente prohibido cumplir mandatos consecutivos. Su política siguió generalmente la de Batlle. Williman había indicado que continuaría con las políticas de Batlle en un discurso que pronunció ante la legislatura después de tomar posesión del cargo. En el mismo, elogió al gobierno saliente por “su noble y justa preocupación por el mejoramiento de los humildes” y pidió medidas como una nueva Secretaría de Educación Pública, una oficina gubernamental del trabajo, la reorganización de la caridad pública y la regulación de las sociedades anónimas. . También planteó la necesidad de “resolver el problema de poblar el interior, que en medio de una gran prosperidad queda medio desierto, ya que no es la existencia de un puñado de grandes fortunas lo que constituye la riqueza de una nación”. Como lo señaló un estudio, “Esta última oración recibió una gran ronda de aplausos, y todo el discurso le cayó bien a los legisladores de Colorado”.

Previo a la elección de José Batlle y Ordóñez a la presidencia, los blancos habían procurado dar sus votos para elegir a Juan Carlos Blanco, el cual encabezaba una fracción colorada, a condición de que se respetara el "Pacto de la Cruz". A pesar de esto, Batlle pudo ser electo debido a que la fracción blanca de Eduardo Acevedo Díaz lo apoyó en el Senado resultando vencedor con 55 votos contra 33. Esto provocaría la expulsión de Acevedo Díaz de las filas de su partido. Al momento de distribuir las Jefaturas Políticas, Batlle otorgó dos de las que correspondían a los blancos a Acevedo Díaz, lo cual fue tomado como una violación del "Pacto de la Cruz".

A consecuencia de esto, Saravia convocó nuevamente a la revolución de los blancos, cuyas fuerzas se movilizaron en esos Departamentos. La guerra civil fue evitada, sin embargo, por una misión que viajó a entrevistarse con Saravia, y el 22 de marzo de 1903 se concretó el "Pacto de Nico Pérez", firmado en esa localidad del departamento de Florida, por el cual se estableció que a las Jefaturas políticas de cinco departamentos serían asignadas a ciudadanos blancos nominados de común acuerdo entre el Gobierno y el Partido Nacional y en el sexto departamento sería designado un blanco, pero sin intervención de la autoridad partidaria blanca.

En los meses que siguieron a la firma del pacto ambos bandos se aprovisionaron de armamento preparándose para un enfrentamiento que resultaba inevitable, dadas las condiciones políticas y sociales del Uruguay de esa época. Batlle mejoró el Ejército, al que dotó de cañones Krupp, ametralladoras Maxim y fusiles

Batlle tenía la intención de denunciar el Pacto de la Cruz –que puso fin a la Revolución de 1897 y que concedió al Partido Nacional el control político de seis departamentos–, según lo había proclamado antes de su elección: “La aspiración de la próxima lucha electoral debe ser el gobierno del partido. La consecuencia necesaria del triunfo de ese principio debe ser la reconquista de los departamentos”. En ese plan, el 12 de marzo Batlle designó ser intendente de Las Piedras y jefes político departamental, entre ellos seis blancos –nacionalistas–, pero dos (Rivera y San José) los adjudicó al grupo de Acevedo Díaz, que había sido expulsado del partido. Como fue la última Guerra civil fue nombrada la paz de Acegua.

Se aprobó una pensión a la vejez que podían utilizar todas las personas mayores de 65 años y de cualquier edad en caso de invalidez absoluta, que se encontrara en la indigencia.

En lo que se refiere a la actividad económica del Estado (estatización y nacionalización), el principio ideológico era que los servicios públicos esenciales debían estar en manos del Estado, ya que este era el organismo representativo de la sociedad, es decir, de todas las clases sociales, y estaba por encima de sus disputas. El Estado debía intervenir donde el capital privado fuera indeciso o temiera perder dinero, porque no estaba guiado por el afán de lucro sino de servicio público; el Estado debía sustituir a las empresas extranjeras que se llevaban la ganancia fuera de fronteras debilitando así el país.

Fue así que se produjo la estatización del Banco de la República Oriental del Uruguay, 1911 y 1913, la del Banco Hipotecario del Uruguay, en 1912, y la de los seguros, que pasaron de manos privadas a manos estatales con la creación en 1911 del Banco de Seguros del Estado.

La sociedad uruguaya, resultante y promotora a la vez de estos cambios, fue muy distinta a la de la primera mitad del siglo XIX. Las clases se diferenciaron con claridad, la dueña de la tierra era compleja, pues al lado del latifundio se consolidó la propiedad mediana con la explotación del ovino. El censo de 1908 permite deducir que los predios de 100 a 2.500 hectáreas, asimilables a estancias de la clase media rural, ocupaban el 52% de la superficie apta, y que 1391 predios de más de 2501 hectáreas - los latifundios - ocupaban el 43% de esa superficie. Este era el fruto de una larga evolución histórica que salvo a la gran propiedad pero la obligó a cohabitar con una importante clase media rural. Las guerras de la independencia y las civiles con su cortejo de ruina ganadera, robos de haciendas e interrupción de la producción, tuvieron otra consecuencia importante: la titularidad de la propiedad cambio de manos velozmente en el siglo XIX. El latifundio existía en 1900 pero los latifundistas ya no eran los mismos del período colonial o de los primeros años del Uruguay independiente. La clase alta olía a nuevos ricos. Eso disminuyó su poder y su prestigio en el seno de la sociedad.

Los estancieros gozaban en 1900 de la posesión de dos monopolios: la tierra y la carne, valorizadas ambas con los avances de la industria saladeril y sobre todo con la fundación en 1905 del primer frigorífico exportador de carnes congeladas a Europa.

El proletariado rural ya no podía optar entre la vagancia y la labor en las estancias, ahora debía trabajar para alimentarse. Los desocupados miserablemente en los llamados "pueblos de ratas", cambiando su anterior dieta carnívora por ensopados de escaso valor nutritivo. El servicio doméstico o la prostitución para las mujeres; el peonaje, la esquila, el contrabando y el robo de ganado para los hombres, fueron las actividades del gaucho moderno. Pero, ya empezó a emigrar a las ciudades.