Todos los habitantes de la capital se transformaron en milicianos. Liniers permitió que cada hombre llevara las armas a su casa y puso a cargo de cada jefe las municiones de cada unidad de combate.

Los nacidos en Buenos Aires formaron el cuerpo de Patricios, en su mayoría eran jornaleros y artesanos pobres; los del interior, el de Arribeños, porque pertenecían a las provincias «de arriba», compuesto por peones y jornaleros; los esclavos e indios, el de pardos y morenos. Por su parte los españoles se integraron en los cuerpos de gallegos, catalanes, cántabros, montañeses y andaluces. En cada milicia los jefes y oficiales fueron elegidos por sus integrantes democráticamente.

Entre los jefes electos se destacaban algunos jóvenes criollos que accedían por primera vez a una posición de poder y popularidad.

Allí estaban Cornelio Saavedra, Manuel Belgrano, Martín Rodríguez, Hipólito Vieytes, Domingo French, Juan Martín de Pueyrredón y Antonio Luis Beruti.

Durante este período intensificó su correspondencia con Cabañas y Yegros en Paraguay, impulsando más el movimiento revolucionario que había dejado en gestación con su prédica y buscando evitar el envío de tropas de Velasco en apoyo a Elío. Por otra parte, mantuvo correspondencia con el general Diego de Souza, que desde Porto Alegre comandaba las fuerzas portuguesas desplegadas en la frontera. Elío deseaba que estas fuerzas intervinieran en su favor para salvar la cada vez más comprometida situación de Montevideo. La caída de Minas, Canelones y Maldonado, las victorias de San José y la capitulación de Collas hacían inminente la derrota de Elío. El general Souza propuso a Belgrano una conferencia que, aparentemente, podía tener por objeto una pausa en las operaciones militares y lograr un "status quo" en la situación política. Belgrano aceptó la celebración de la conferencia, sin comprometerse en nada y mucho menos en la intermediación ofrecida por Souza para un arreglo pacífico con los españoles. La correspondencia entre los dos generales estableció una relación cordial entre ellos, y las hábiles dilaciones de Belgrano en esas tratativas son una muestra más de su competencia diplomática al manejar tan delicadas instancias en medio de una campaña militar turbulenta y muy politizada también en lo interno.

En Buenos Aires se producían los sucesos que culminaron en el movimiento o revolución del 5 y 6 de abril de 1811, con la separación de a Rodríguez Peña, Vieytes, Azcuénaga y Larrea de la Junta, y se despojó a Belgrano de su mando de las tropas en la Banda Oriental y le arrebató su rango militar. Se le ordenó volver a Buenos Aires para someterlo a un proceso en el que tendría que responder por su actuación, tanto en la campaña al Paraguay como en la del Uruguay.