O Convento São Francisco começou a ser construído no final do século XVI pelos padres franciscanos Antônio dos Mártires e Antônio das Chagas, a pedido do 2º Donatário da Capitania do Espírito Santo, Vasco Fernandes Coutinho Filho. Era composto de Igreja dedicada a São Francisco, mosteiro/claustro e a Capela da Ordem Terceira da Penitência. A esse conjunto foi posteriormente acrescentado um cruzeiro no início da ladeira de acesso (1744) e finalmente um cemitério “provisório”, que funcionou de 1856 a 1908. No interior há uma exposição permanente com peças que fazem parte da estrutura e ajudam a contar a história. No Convento também tem monitores para recepcionar os visitantes. Eles percorrem todas as áreas e mostram cada um dos detalhes. O pátio do convento é enriquecido por uma coluna alta coroada com a imagem de Nossa Senhora Imaculada da Conceição, erguida para marcar o local para onde foram transferidas as ossadas encontradas nas ruínas do convento e talvez até mesmo os restos mortais do jesuíta Pedro Palácios, idealizador do Convento da Penha.