A juzgar por los rastros arqueológicos, su decadencia se produjo debido a un proceso de balcanización de la zona, o sea, de desintegración en culturas aisladas y enemistadas. Esto los hizo vulnerables a la presión de parte del Imperio azteca primero y luego de los conquistadores españoles.

Se sabe que los mixtecas veneraban a sus dioses con sacrificios humanos y animales. Sus líderes religiosos tenían una posición jerárquica dentro de la sociedad, que por lo demás era fundamentalmente militarista.

El idioma de esta cultura era el protomixtecano, del cual derivan las lenguas mixtecas aún habladas en el sur de México, con un margen tal de diversificación que la variante costeña y la montañosa eran idiomas prácticamente distintos. Los mixtecos cultivaron una escritura pictográfica, de la que se conservan algunos códices.