Koncepcja napisania powieści historycznej z czasów krzyżackich narodziła się w głowie Sienkiewicza stosunkowo wcześnie, bo już w 1865 roku. Początkowo powieść miała mieć tytuł „Spytko z Melsztyna”. Pracę nad nią zawiesił aż do 1896 roku, kiedy to po zebraniu odpowiednich materiałów źródłowych - Kronik Janka z Czarnkowa, Historii Polski Jana Długosza, monografii Szajnochy "Jagiełło i Jadwiga" - powrócił do pomysłu napisania powieści. Dzieło ukończył na swój jubileusz w 1900 roku.

Przyczyna napisania „Krzyżaków” była związana z poglądami politycznymi Sienkiewicza. Z niepokojem patrzył na rozwijające się państwo pruskie, dzieło „żelaznego kanclerza” Bismarcka. Uważał je za zagrożenie dla przyszłości i kultury zarówno polskiej, jak i europejskiej. Obawiał się germanizacji Wielkiego Księstwa Poznańskiego i Śląska. Pisarz doszedł do wniosku, że ekspansja Niemców na wschód rozpoczęła się w XV wieku i była związana z działalnością Zakonu Krzyżackiego – stąd pomysł napisania „Krzyżaków”.