Los avances realizados en las investigaciones que permitieron determinar el agente causante 
confiere elementos para establecer programas de mejoramiento para generar resistencia genética 
a este patógeno y plantea el desafío de profundizar los estudios sobre malezas como hospedantes 
alternativos y estrategias de manejo contra F. schultzei que sería el principal responsable de la 
dispersión de la enfermedad.
 El cultivo de tabaco se encuentra afectado por una enfermedad que provoca el marchitamiento de la parte aérea de la planta, amarillamiento y necrosis de los tejidos, sistema radicular con escaso desarrollo y presencia de raíces con podredumbre, síntomas que muchas veces pueden terminar con la muerte de la planta. 
 Constituye un desafío la continuación y profundización de estudios moleculares que representan 
una importante herramienta para el manejo integrado de enfermedades, dado que los grupos de  anastomosis de Rhizoctonia solani difieren en su sensibilidad a fungicidas y pueden tener diferente 
rango de hospedante.
De este modo, la búsqueda de variedades comerciales con resistencia genética es una estrategia de importancia para incrementar la producción en el marco de un desarrollo agrícola sustentable. 
Actualmente el mejoramiento genético convencional para resistencia a factores bióticos y abióticos puede ser asistido por técnicas moleculares que permiten a genetistas realizar estudios de variabilidad a nivel de ADN de forma sistemática. En este sentido, técnicos del INTA realizan 
estudios para conocer la variabilidad genética existente de las variedades de tabaco Virginia del 
Banco de germoplasma del NOA (BANOA) y variedades comerciales de manera de aportar nuevos 
materiales a los programas de mejoramiento.
 En términos ambientales, resulta necesario promover la adopción de tecnologías que tengan menor impacto en el medio ambiente o acciones que mitiguen los efectos nocivos de ciertas prácticas. En este sentido la disminución de agrotóxicos en la producción primaria y el tratamiento de sus residuos son de alta prioridad e importante para las autoridades provinciales y nacionales implementar líneas de acción para contrarrestarlas.
 La producción de tabaco requiere de un componente forestal que brinde por un lado, un complemento a los ingresos generados por la producción de tabaco a los pequeños productores y por otro, ayude al mantenimiento y mejoramiento del medio ambiente, contrarrestando así la 
liberación de CO2 proveniente de los sistemas de secado del tabaco.
 Entre los principales desafíos del Estado en conjunto con los productores y empresas tabacaleras,  es diseñar una estrategia para la reducción de la huella de carbono mediante el cumplimiento de 
estándares internacionales, como los fijados por el Protocolo de Kioto sobre el cambio climático.Así también, la creación de políticas para reducir la deforestación y por el contrario formular lineamientos y acciones tendientes a ordenar y fomentar la actividad forestal en las provincias tabacaleras.