Existen muchos problemas relacionados con el desarrollo de la raíz. 
Es necesario obtener plantas con una raíz principal recta y raíces secundarias bien formadas para que, al momento de trasladarlas a campo definitivo, proporcionen buen anclaje al suelo. 
Se sugiere que cada práctica de manejo agronómico en la producción de plantas de café en almácigo se realice de forma adecuada y oportuna.
Antes de comprar o realizar la siembra de un colino se debe 

monitorear en vivero el sistema radicular y así tomar la decisión de la comprar o llevar a campo definitivo.

 

Según (Farfán F. Serna C. Sánchez P. 2015) el sustrato para un almacigo de café se recomienda emplear una mezcla de suelo más abono orgánico, en proporción de 2:1 o de 3:1 de suelo y pulpa descompuesta, como fuentes alternativas de materia orgánica pueden emplearse pollinaza, gallinaza o cenichaza, en las mismas proporciones.

 

 

Las principales enfermedades que pueden observarse en el almácigo son: mancha de hierro (Cercospora coffeicola) y nematodos (Meloidogyne incognita y M. javanica). Las plantas de almácigo deben tratarse preventivamente con aplicaciones de productos azufrados o a base de cobre. Para la prevención de la enfermedad de mal de tallo o volcamiento ocasionada por el hongo Rhizoctonia solani se recomienda las aplicaciones preventivas de Trichoderma harzianum a una concentración de 10 g de producto comercial por 1 Litro de agua (Gaitán A. Ribillas C. 2013).

 

 

Para pasar una chapola a la bolsa han alcanzado el estado de trasplante, es decir, que sus dos hojas cotiledonares están completamente extendidas, que la chapola presente una raíz en buen estado que no tenga ninguna afectación, que esté libre de patógenos (Gaitán A. Villegas C. Ribillas C. Hincapié E. Arcila J. 2011)

 

La Federación Nacional de Cafeteros por medio de los asistente técnicos encargados en el servicio de extensión, dentro de sus funciones esta la capacitación a cafeteros en distintos temas como el proceso de propagación de  café dentro de sus mismo predios y una de las labores importantes es el enchapolado del café ya que si esta labor no se hace debidamente se cometen errores que son costosos para el agricultor uno de esos errores es la mala enchapolada y a que la planta puede quedar con malformación en la raíz llamada cola de marrano ocasionando pérdidas económicas para el cafetero.

 

 

Se debe verificar que las chapolas que se encuentran en el germinador están libres patógenos con el fin de no enchapolar plantas enfermas o con poco desarrollo del sistema radicular, el éxito del cultivo de café va desde la germinación, enchapolado y desarrollo de las plántulas en el almacigo (Gaitán A. Villegas C. Ribillas C. Hincapié E. Arcila J. 2011).

 

Las raíces desempeñan un papel fundamental en el crecimiento y la producción del cafeto; La raíz es el órgano por medio del cual la planta se ancla al suelo y absorbe y transporta el agua y los minerales esenciales para su crecimiento; La raíz tiene además otras funciones menos conocidas como es la síntesis de algunas hormonas reguladoras del crecimiento como las citoquininas y el ácido giberélico, y en ocasiones, la síntesis de metabolitos secundarios (Arcila J. 2007). 

 

El óptimo desempeño del sistema radical depende de una estructura bien desarrollada, tanto de la raíz pivotante como de las raíces laterales, las raíces de café, al encontrar condiciones limitantes pueden afectar su crecimiento, provocando un desarrollo deficiente de la parte aérea de la planta, baja producción y, en condiciones extremas, causar su muerte (Rendón J. Giraldo A. 2019).

 

Al momento de pasar el colino de café se recomienda aplicar de 8 a 10 gramos de micorrizas por sitio con el fin que haya buen desarrollo radicular y que la planta asimile con facilidad los productos ricos en fosforo como el Dap (Farfán F. Serna C. Sánchez P. 2015). 

 

Para un correcto enchapolado de los colinos de café, el ahoyado en la bolsa debe ser profundo y ancho para evitar las malformaciones de la raíz, después de haber colocado el colino dentro del hoyo se preciosa el sustrato con el fin de extraer el aire que queda dentro de la bolsa.

 

Según la Federación de Cafeteros con su servicio de extensión, recomienda los palos ahoyadores de 20 cm de largo en promedio con el fin de que la raíz del colino no vaya a quedar torcida al momento de colocarla dentro de la bolsa.

 

Se recomienda trasplantar solamente el material de mejor calidad y desarrollo uniforme, no es recomendable llevar al almácigo plantas en estado de fósforo, debido a que éstas todavía no han terminado el proceso de digestión del endosperma de la semilla y también porque en este estado de desarrollo; el crecimiento de la raíz está limitado por el tamaño de la bolsa. Cuando la raíz toca el fondo de la bolsa se produce un doblamiento de ésta en forma de “L”, al que se le conoce como “cola de marrano”, la alteración en el crecimiento recto y en sentido vertical de la raíz tendrá efectos negativos en el anclaje de plantas adultas y en la absorción de nutrientes, causando raquitismo y muerte de la planta (Gaitán A. Villegas C. Ribillas C. Hincapié E. Arcila J. 2011).

 

Según Cenicafe la pérdida del 10% es considerada como aceptable en los procesos de propagación, en la Estación Central Naranjal (Caldas) y las Estaciones Experimentales Paraguaicito (Quindío) y San Antonio (Santander); Se realizo el ejercicio de cálculo  pérdidas para 11.110 plantas, considerando que de este material están alrededor del 10%, obteniendo así un número efectivo de 10.000 plantas (Farfán F. Serna C. Sánchez P. 2015).