Como antecedente, la iglesia católica tras ser legalizada y tomada como religión oficial del imperio romano en el Edicto de Milán dejó de ser perseguida y se transformó en perseguidora de otras religiones a quienes consideraba como paganos.

Durante el nuevo milenio se recrudecería la persecución a paganos y herejes tal es el caso del Concilio de Verona (1184) y el Concilio de Constanza (1414-1418).

El azotamiento de plagas que experimentó Europa entre los siglos X y XV fomentó a justificar las persecuciones con la idea de la llegada del anticristo y el fin del mundo.

En el pasado, el jurista Pietro Verri fue uno de los primeros en hablar del tema, catalogaba a la tortura como la búsqueda de la verdad por medio del dolor.

Actualmente, la tortura ha sido definida en el artículo 1 de la Convención contra la tortura y otros, como cuando se aflige a una persona con dolores físicos o mentales graves de manera intencional.

Los católicos designados en los países de Hispanoamérica asumieron un rol más "relajado" en cuanto a su religión y se alejaron de la ortodoxia tradicional de la península ibérica.

Los judaizantes fueron los principales sentenciados con los "autos de fe", se les denominaba así ya que en estos lugares se ejecutaban las condenas.

El tribunal de Lima cesó sus funciones en 1812, un duro golpe para la inquisición ya que aquí se guardaban todo tipo de documentos de esta, sin embargo, dos años después la reinstauraron.

En este período, las órdenes religiosas de los dominicos y franciscanos desempeñaron un papel importante en la creación y operación de la Inquisición ayudando a poner freno a una situación que se les estaba escapando de las manos. Tomando en cuenta que en Francia se decreto la excomunión de simoniacos, sodomitas, de los heréticos y de todos aquellos que les amparaban a los considerados herejes.

Se estableció una estructura organizativa para llevar a cabo investigaciones y juicios contra aquellos considerados herejes y se centro en la detencion y castigo de los mismos.

Los inquisidores tenían manuales que detallaban los procedimientos y tácticas para identificar y perseguir y castigar a los que se desviaban de la considerada verdadera religión.

Tomás de Torquemada fue un influyente inquisidor en España durante este período, se asocia con la persecución y el juicio de aquellos considerados herejes.

Muchos individuos fueron perseguidos y juzgados por la Inquisición debido a sus creencias o prácticas se enfrentaron a interrogatorios, juicios y, en algunos casos, la pena de muerte debido a sus creencias o prácticas mostrándonos que la inquisición tenía un amplio alcance y buscaba erradicar cualquier desviación de la ortodoxia religiosa.

Los inquisidores seguían pautas específicas para llevar a cabo investigaciones y juicios.

El poder de la Inquisición se veía respaldado por su control económico sobre los tribunales inferiores. Los sambenitos, prendas de vestir infamantes, eran expuestos en iglesias como recordatorio de la condena de los herejes. La Inquisición también controlaba la censura de libros, como se refleja en los índices de libros prohibidos, siendo el más conocido el de Quiroga de 1583.