주인공인 제제는 5살의 소년이다. 장난기가 심한 제제는 누나에게 대들고 아버지를 위로하려다가 오히려 매를 버는 일을 일삼는다

​

제제는 가족이 아닌 정원에 있는 라임 오렌지나무에게만 마음을 털어 놓으면서 함께 자란다. 그러던 어느날 제제는 장난을 치다 발에 심한 상처를 입게 되는데, 포르투갈 사람인 뽀르뚜가 아저씨가 제제를 의사에게 데려가 치료해 주었다. 이후 둘은 낚시 여행도 같이 떠나는 등 급속도로 친해진다. 제제는 그를 친아버지처럼 여기며 소중하게 생각하지만 뽀르뚜가 아저씨는 기차에 치여 갑작스러운 죽음을 맞는다. 제제는 생애 첫 이별을 그를 통해 알게 되고, 한없는 슬픔을 경험하면서 나무를 자르게 되고 점차 어른으로 성장해 가게 된다.