Oltre all'arco trionfale si estende l'alto transetto, con copertura a capriate lignee, terminante con 3 absidi, di cui la centrale con diametro più che doppio rispetto alle altre 2. Il carattere sobrio e quasi disadorno della cattedrale (un tempo molto più fastosa di oggi) è dovuto ai continui rifacimenti delle decorazioni (capitelli, volta, stucchi) Per esempio, la volta a crociera costruita nel Settecento del transetto, venne  rimossa negli anni cinquanta per riportare il soffitto allo stato originale con capriate lignee a vista. Suddivisa in due unità (Cripta di San Nicola, che conserva le reliquie del santo e Cripta di Santa Maria, che risale alla costruzione precedente), la cripta ricalca la pianta dell'edificio e si distingue perchè non è sotterranea, ma al livello del terreno, in qunato l'intera basilica ad essere sopraelevata con un ingesso tramite una doppia scalinata