Cada espécie teria surgido de maneira independente e permaneceria sempre com as mesmas características. Como cada espécie já era adaptada ao ambiente que foi criada, elas permaneciam imutáveis.

 Foi um mecanismo para explicar a transformação das espécies. Defendia que os organismos atuais surgiram de outros mais simples e teriam uma tendência a se transformar, gradualmente, em seres mais complexos. Essas mudanças eram, portanto, decorrentes das necessidades dos indivíduos. A forma como essas mudanças ocorreriam baseava-se em dois princípios básicos: lei do uso e desuso e lei da herança de características adquiridas.

Um exemplo é o caso clássico das girafas, de acordo com essas ideias, o pescoço delas se tornou comprido pela necessidade de alcançarem as folhas dos Ramos mais altos.

  Essas modificações são imperceptíveis de uma geração para outra, porém, ao longo do tempo, quando somadas e acumuladas, tornam-se perceptíveis e justificam as diferenças entre as novas espécies assim originadas.

  A teoria da evolução proposta por Darwin tem como ideia básica a seleção natural, observada na natureza. As pequenas variações casuais que aparecem nos organismos fazem com que suas probabilidades de sobrevivência e reprodução sejam distintas.

Segundo Darwin, há uma luta constante pela sobrevivência, e a seleção natural atua nesse processo. Assim sendo, o organismo mais apto conseguiria sobreviver e teria mais chances de reproduzir-se, preservando, assim, as variações úteis para cada espécie. Vale destacar, no entanto, que, apesar de conhecermos os genes e os mecanismos de hereditariedade, Charles Darwin não os conhecia, o que deixou uma lacuna em seu trabalho, mas que foi posteriormente preenchida.

Ex: os pavões exibem-se para as fêmeas, que escolhem aqueles com cauda mais vistosa.

Ex: Salomões que vivem no noroeste do Pacífico. Eles têm apresentado uma redução em seu tamanho nos últimos anos por causa do aumento da pesca com rede na região. Esse tipo de pesca acaba selecionando indivíduos maiores, o que fez com que os menores apresentassem vantagem sobre os outros, uma vez que não eram capturados. Com o tempo, observou-se uma redução no tamanho médio desses peixes.

Ex: Em algumas regiões africanas, onde se observa a presença de um alelo recessivo (s) que determina a anemia falciforme, uma doença relativamente grave. Apesar de grave, muitas pessoas apresentam o gene, entretanto, em heterozigose (Ss). A permanência desse gene é importante porque confere proteção contra a malária, uma doença comum em certas regiões africanas. Nesse caso, portanto, a seleção natural privilegiou a permanência do gene em heterozigose, diminuindo a frequência do gene em homozigose (SS e ss)

Ex: Alguns tentilhões africanos que são adaptados a comer sementes. Eles variam em tamanho (grandes, médios e pequenos), mas as formas intermediárias são pouco observadas. Isso ocorre porque existem sementes que variam em dureza. Os tentilhões maiores conseguem alimentar-se de sementes duras, e os menores alimentam-se de sementes macias.

Ela reconhece seleção natural, a recombinação gênica e a mutação como fatores evolutivos. Sabemos que Darwin não sabia explicar como as variações eram transmitidas aos descendentes. Essa teoria considera que as mutações, combinações gênicas, e seleção natural são os fatores principais que culminam na evolução; sendo as combinações gênicas consequências da segregação independente dos cromossomos, e permutações que ocorrem durante a meiose. Tanto ela quanto as mutações estão relacionadas à variabilidade genética da população. 

A seleção natural, desta forma, elimina indivíduos que possuem aspectos desvantajosos para uma determinada situação, sendo estes, portanto, menos adaptados a ela. Assim, considerando que ambientes não são sistemas estáveis e constantes, diferentes pressões seletivas podem ocorrer dentro de uma população, evitando a eliminação de determinados alelos que não seriam mantidos caso o ambiente fosse homogêneo.