No decorrer da década, o Produto Interno Bruto (PIB) japonês apresentou baixo crescimento. O país não acompanhou a revolução tecnológica da informação e das telecomunicações que levou à criação de empresas gigantes nesse setor, sobretu­do nos EUA, na Coreia do Sul e em outros países do Sudeste Asiático. Em 1997, a crise financeira internacional iniciada na Ásia atinge duramente o Japão.

O primeiro-ministro Keizo Obuchi (PLD) sofre um derrame cerebral em abril de 2000 e morre no mês seguinte, aos 62 anos. Eleições realizadas em junho dão vitória ao PLD, que indica Yoshiro Mori como primeiro-ministro.

O fracasso dos pacotes de recuperação econômica leva Mori a renunciar. Ele é substituído em 2001 por Junichiro Koizumi, cujo programa é promover privatizações, reformar o sistema financeiro e reduzir gastos públicos.

As ações do Exército japonês durante a II Guerra Mundo continuam causando atrito com os países, vizinhos. As tensões com China e Coreia do Sul se acirram com visitas de Koizumi ao Santuário Yasukuni. Construído 1869, esse memorial militarista homenageia heróis de guerra japoneses, entre ­os quais alguns considerados criminosos de guerra.

Nas eleições de 2003 para a Casa dos Representantes (câmara baixa), o PLD e seus aliados, o Partido Novo Komeito e o Novo Partido Conservador (depois absorvido pelo PLD), conquistam 279 das 480 cadeiras. O oposicionista ­Partido Democrático do Japão (PDJ elege 177 parlamentares. Nas eleições parciais para a Casa dos Conselheiro (câmara alta), em 2004, o PLD conquista apenas 49 das 121 cadeiras em disputa enquanto o PDJ obtém 50. Apesar disso, a coalizão governamental mantém a maioria no Parlamento.

Em 2004, o Parlamento aprova a reforma da Previdência, que aumenta o valor das contribuições e corta benefícios – o argumento do governo é que, com o envelhecimento da população, a mudan­ça é essencial para evitar o colapso do sistema. No ano seguinte entra em pauta a proposta de privatização dos correios. Além de enviar cartas, o serviço postal japonês é um banco de poupança estatal, com patrimônio de mais de 3 trilhões de dólares. Por dispor de tanto dinheiro, o correio torna-se foco de transações finan­ceiras suspeitas entre políticos e empresas. Considerada fundamental para o governo, a proposta não passa no Parlamento. Numa manobra arriscada, Koizumi dissolve a Casa dos Representantes e convoca elei­ções antecipadas em 2005. O PLD de Koizumi vence, obtendo 296 das 480 cadeiras em disputa, contra 113 do PDJ. O Novo Komeito, aliado do PLD, elege 31 parlamentares. Vitorioso nas urnas, o primeiro-ministro força o Parlamento a aprovar a privatização.
DESGASTE

Em março de 2008, o governo lança mão de uma manobra política para impor a volta de uma taxa que aumenta o preço dos combustíveis. Com isso, a rejei­ção popular a Fukuda cresce. O ápice do enfrentamento ocorre em junho, quando a câmara alta aprova, pela primeira vez no pós-guerra, uma moção de censura ao primeiro-ministro e pede sua renúncia. Com esperança de recuperar o apoio po­lítico e popular, visando às eleições gerais de 2009, Fukuda promove uma reforma ministerial em setembro e nomeia seu rival Taro Aso secretário-geral do partido. A crise financeira global, porém, atinge a economia japonesa, aumentando ainda mais as dificuldades para Fukuda. que renuncia em setembro.
 Com a crise (2007-2009), as vendas externas do Japão caíram 14% no quarto trimestre de 2008. Como resultado, o PIB japonês contraiu-se 4,6% no período, o pior resultado em 35 anos. Nos Estados Unidos, epicentro do desastre financeiro, o PIB encolheu apenas 0,2%, e nos países da chamada zona do euro a queda ficou em 1,2%.

Em dezembro, o Japão reúne-se com a China e a Coreia do Sul, for­malizando uma Frente Asiática, que adota medidas de colaboração para enfrentar a crise econômica e buscar a estabilidade do sistema financeiro global. A iniciativa con­solida uma aproximação entre o governo japonês e o de seus dois vizinhos, marcada, no período anterior, sobretudo, por visitas ao Japão do primeiro-ministro chinês Wen Jiabao (abril de 2007) e do presidente da China, Hu Jintao (março de 2008).

A troca do primeiro-mi­nistro não surte efeito, e a crise política, somada à econômica, estende-se por 2009.
Desde novembro de 2009, um recall por conta de um problema no acelerador fez a Toyota recolher para reparos 9 milhões de carros (prejuízo de US$ 2 bilhões). Isso desencadou uma crise abalando a reputação da empresa em dimensões incalculáveis. 

O Japão registra a pior queda do PIB em 35 anos, aborta uma tímida tentativa de recuperação e vê seu ministro das Finanças perder o cargo depois de um vexame público.

Em fevereiro de 2009, o ministro das Finanças, Shoichi Nakagawa. renuncia após aparecer supostamente embriagado em uma reunião do G-7. Em outubro de 2009, o mesmo Nakagawa é encontrado morto  em sua residência (veja  vídeo que segue com reportagem do Globo News).

Em julho, o PLD sai derrotado das eleições para a Assembleia de Tóquio, consideradas um importante termômetro de popularidade. Em seguida, a câmara alta aprova moção de censura contra Aso. que decide antecipar as eleições gerais para agosto, dois meses antes do previsto.

No pleito, o PDJ conquista uma vitória histórica, que põe fim a um período de 54 anos quase ininterruptos do PLD no poder. O PDJ obtém 308 das 480 cadeiras em dis­puta, contra 119 do PLD. Yuláo Hatovama assume como premiê em setembro, pro­metendo investir em programas sociais e reduzir a dependência econômica das exportações. O novo primeiro-ministro também sinaliza que estreitará as relações com os vizinhos asiáticos, especialmente China e Coreia do Sul.