El agua está contaminada cuando se alteran su composición natural y propiedades (color, olor, sabor, temperatura, etc.) por la introducción de contaminantes (sustancias o formas de energía) que impiden su uso normal.

Tradicionalmente el agua ha sido el receptor natural de todo tipo de residuos pero, esta contaminación no se limita a las aguas superficiales (ríos, lagos, mares, etc.), sino que que también afecta a las aguas subterráneas.

Orgánicos, como proteínas, hidratos de carbono, aceites, grasas, ceras, alquitranes, detergentes y pesticidas.
Los efectos que estas sustancias producen en las aguas son: a) disminución de oxígeno disuelto (consumido por las bacterias en la descomposición aerobia)
b) formación de sustancias indeseables por fermentación anaerobia como ácidos orgánicos o gases  que producen malos olores.

Según  la UE hay degradación del suelo cuando se dan los siguientes procesos:

Se utilizan para aumentar los nutrientes del suelo. Los abonos orgánicos y el fósforo son los principales contaminantes.

Su origen es: la minería, los vertidos industriales, el tráfico y los residuos peligrosos. Pb, Cu, Mn, Zn, Cr, entre otros.

PESTICIDAS
 Se utilizan para la eliminación de plagas. Son peligrosos porque se concentran en las plantas que sirven de alimento.

 Son sintéticos y muy tóxicos. Tienen un grado de permanencia alto en el suelo.

Es la acumulación de sales (como el NaCl y CaCO₃₎ en el suelo, característicos de zonas áridas. Esto disminuye la permeabilidad del suelo.

Se produce por la aplicación de sustancias de forma dispersa, sin estar concentradas en un punto. Las sustancias penetran en el suelo y de ahí puede pasar al agua, la flora y la fauna. De esta forma se incorporan a las cadenas tróficas.

-Existen dos tipos:

La proliferación desmesurada de algas o eutrofización (proliferación de organismos fotosintetizadores) se ve favorecida por el aumento de las sales minerales disueltas que provienen de los vertidos industriales, abonos agrícolas, de los residuos ganaderos, de las aguas residuales domésticas y de los productos de limpieza. 

Este enriquecimiento de nutrientes favorece el crecimiento exagerado de las algas y plantas acuáticas, cuya descomposición provoca la proliferación de organismos descomponedores que requieren oxígeno para realizar la respiración celular, lo que provoca la disminución de oxígeno disuelto en el agua y, por tanto, la muerte de muchos organismos acuáticos. 

Se denomina intrusión salina a la entrada de agua marina en los acuíferos. Se produce cuando las extracciones de agua subterránea hacen disminuir el flujo de agua dulce y el nivel de la capa freática desciende por debajo del nivel del mar. El agua salada invade las zonas continentales y ocupa los acuíferos de agua dulce.