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La excreción consiste en la eliminación de los desechos generados dentro de las células o del organismo.

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Las principales sustancias de desecho producidas por los animales son el agua, las sales y los compuestos nitrogenados, los cuales son eliminados a través de los diferentes mecanismos de excreción.

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Presentan un sistema excretor basado en un par de riñones, en los que se forma la orina por filtrado y reabsorción de la sangre. En reptiles, aves y mamíferos la orina va por los uréteres hasta una vejiga, desde donde sale al exterior por la uretra. Los principales órganos de excreción constituyen el sistema renal o urinario, aunque existen otros, Los riñones están formados por unidades anatómicas y funcionales llamadas nefronas, que filtran la sangre.

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En los invertebrados los mecanismos de excreción de desechos se valen de protonefridios, como en los gusanos planos, los rotíferos, algunos anélidos y los anfioxos; metanefridios en los anélidos y moluscos y túbulos de Malpighi en los insectos. Los artrópodos terrestres (arácnidos, insectos y miriápodos) tienen unos órganos especiales derivados del intestino conocidos como tubos de Malpighi.