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La aparición de las herramientas con las que se puede llevar a cabo las tareas de indagar más el mundo microbiano, permite la determinación de la historia filogenética, al igual que la constatación de su verdadera identidad.

En los últimos cuarenta años la ciencia a dado un gran avance al descubrir los rasgos evolutivos que presentan cada célula, permitiéndoles un mayor conocimiento y compresión.

Existen 3 dominios los cuales son: el dominio Bacteria, el Dominio archaea y el dominio Eukarya. Bacteria y archaea son filogeneticamente diferentes a pesar de compartir muchas caracteristicas estructurales, y las archaea estan mas estrechamente emparentadas con Eukarya que con bacteria. desde el ultimo ancestro universal comun de todas las celulas , la evolucion siguio dos  caminos para formar los dominios bacteria y archea. mas tarde, el dominio archea divergio para separar a eukarya de archaea.

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El dominio bacteria es uno de los tres dominios identificados en el árbol de la vida y constituye la forma de vida más primitiva. De todos los organismos las bacterias son las más abundantes en el planeta. Estas pueden habitar diversos ecosistemas, desde manantiales de agua a 100 grados centígrados hasta en los polos, a temperaturas menores a los 15 grados centígrados. Las bacterias son organismos procariotas que carecen de un núcleo rodeado por membranas y de organelas. Para su desplazamiento utilizan flagelos o movimientos deslizantes por flexión, mientras que otras se mantienen inmóviles. Las bacterias están constituidas por una molécula circular de ADN llamada nucleoide, que se encuentra en el citoplasma. Estos organismos cumplen diversas funciones en el planeta: inciden en la salud de los seres y en el desarrollo industrial.
Los seres vivos están clasificados en tres dominios: eucarya, que son las plantas, animales, hongos, cromista (algas y plancton) y protistas; archaea, que se refiere a microbios que viven en ambientes extremos; y eubacteria o bacteria, que incluye a todas las demás bacterias.
El dominio bacteria incluye a todas las bacterias (eubacterias) y las cianobacterias (algas verdeazuladas), que son las formas más presentes de este dominio.

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Se conoce como archaea a una diversidad de microorganismos unicelulares que conforman el reino archaea y poseen su propio dominio.

Las archaeas se caracterizan por tener una estructura morfológica de tipo procariota, es decir, no poseen un núcleo determinado, y son organismos capaces de desarrollarse en condiciones extremas.

hasta el momento ha sido una de las estructuras moleculares más antiguas que se haya estudiado y que se conserva con escasas modificaciones, en comparación con otros microorganismos cuyas estructuras han variado mucho más a lo largo del tiempo. Entre algunas de sus características se encuentran que:

Tienen una membrana unicelular compuesta por lípidos que le permiten tener mayor resistencia térmica.

La pared celular está compuesta por proteínas con forman una capa S que protege la parte exterior de la célula.

Tienen flagelos similares al de las bacterias, solo que estos pueden ser más largos y gruesos.

Su reproducción es asexual.

Son resistentes y pueden desarrollarse fácilmente en medios extremos, es decir, a altas temperaturas

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El dominio Eukarya incluye los organismos formados por células con núcleo verdadero. La castellanización adecuada del término es eucariontes. Estos organismos constan de una o más células eucariotas, abarcando desde organismos unicelulares hasta verdaderos pluricelulares en los cuales las diferentes células se especializan para diferentes tareas y que, en general, no pueden sobrevivir de forma aislada.

Pertenecen al dominio o imperio eucariota animales, plantas, hongos, así como varios grupos en el parafilético Protistas.
Todos ellos presentan semejanzas a nivel molecular (estructura de los lípidos, proteínas y genoma), comparten un origen común, y principalmente, comparten el plan corporal de los eucariotas, muy diferente del de procariotas.

Dentro del dominio encontramos organismos fototrofos, como las algas que están distribuidos en ambientes terrestres y acuáticos y que son principales productores de la naturaleza

Los hongos, heterótrofos, son importantes en los procesos de biodegradación y reciclaje de materia orgánica en los suelos y otros ecosistemas.

Los eucariontes se dividen en 4 reinos:

- Animalia
- Fungí
- Protista
- Plantae