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En 1609 Galileo Galilei construyó el primer microscopio simple. De 1617 a 1619, apareció ya un microscopio de dos lentes con un solo objetivo convexo y un ocular, cuyo autor, según se supone, fue el físico Cornelius Drebbel.

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Microscopio compuesto supuestamente realizado por Zacharias Janssen en 1595, en Midelburg, HOLANDA. (25 cm de lardo y 6 cm de diametro). Está formado por dos tubos de latón, soportando una lente cada uno, de 3 X y 5 X, que se deslizan dentro de otro tubo de latón lo que permite el enfoque. Se considera el primer microscopio compuesto de la historia. Este microscopio se hace según una copia del original de los HH. Jansen, aparecida en un anticuario de París en 1891, hoy día se cuestiona su autenticidad.

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Drebbel aprendió a pulir lentes y más tarde hizo un microscopio que parece haber sido la base de aquellos utilizados por celebridades científicas como Galileo y Hooke

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Henry Power construye un microscopio apoyado sobre una lámina de vidrio para poder iluminar la muestra desde la parte inferior. Es el primer intento de microscopio de luz transmitida. ... 1673 Johannes Hevelius incorpora un tornillo micrométrico en el microscopio para poder enfocar la muestra.

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Hooke descubrió las células observando en el microscopio una laminilla de corcho, dándose cuenta que estaba formada por pequeñas cavidades poliédricas que recordaban a las celdillas de un panal. ... En 1678 pública “Estudio matemático de la elasticidad de los resortes” conocida como Ley de Hooke.
Robert Hoke

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En realidad el microscopio de Leeuwenhoek era una simple lupa, pero de exquisita calidad, con la que podía alcanzar hasta 200 aumentos. Microscopio de Leeuwenhoek (copia). Leeuwenhoek descubrió por primera vez lo que él llamaría "animálculos", y que en realidad hoy sabemos que son protozoos y bacterias.

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En las tres últimas décadas del siglo XVII el microscopio fue incorporando algunas características, tales como un mecanismo para controlar la luz que ilumina la muestra, dos monoculares (un binocular), el portaobjetos y un ocular compuesto (ocular de Huygens). Este último, obra de Christiaan Huygens, abordó la naturaleza ondulatoria de la luz

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En este siglo se forja la imagen convencional del microscopio de los laboratorios de docencia. Primero aparece el trípode, en 1725, gracias a Edmund Culpeper.

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Joseph Jackson Lister soluciona el problema de las imágenes imperfectas ocasionadas por las aberraciones acromáticas y esféricas. Para ello construyó un conjunto de lentes separados entre sí por una corta distancia, los cuales, aunque su poder de magnificación era débil, podían corregir las imágenes del microscopio.

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Aparece el microscopio de luz polarizada inventado por William Henry Fox Talbot.

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Ocurre el primer acercamiento a la microfotografía, tras Charles Louis Chevalier combinar el funcionamiento de los daguerrotipos con los del microscopio.

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Carl Zeiss funda la compañía Carl Zeiss AG, la cual fabrica cantidades industriales de microscopios e instrumentos ópticos.

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John Leonard Riddell inventa el primer microscopio funcional con binoculares

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Aparece el ultramicroscopio, inventado por Richard Adolf Zsigmondy, llevando la microscopía a nuevos niveles.

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Frits Zernike crea un microscopio de contraste de fases que es capaz de visualizar cuerpos transparentes, como el de las células, sin necesidad de teñirlas.

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Aparece el microscopio electrónico de barrido (SEM) gracias al invento de Manfred von Ardenne.

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Se inventa el microscopio confocal gracias a Marvin Minsky.