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Los edificios que se construyeron más tardíamente fueron las iglesias.

Las iglesias de la orden son generalmente de planta rectangular, de una sola nave, aunque a veces las hay basilicales.

De ábside plano:Calpan, Tepeaca, Usuapan, Conkal.

Poligonal: Puebla, Tula, Huejotzingo, Dzidzantún.

Las techumbres varían e incluyen bóvedas de nervaduras Huejotzingo, Acatzingo, Zempoala, Tula.

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Algunos ejemplos:
Huejotzingo y Calpan en la zona de puebla, las cuales, por lo extraordinario de su concepción y ejecución, son una expresión insuperable tanto de espíritu de la orden como de la sensibilidad de los artífices.

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Las capillas abiertas, designadas también capilla de indios, son quizá las construcciones que presentan mayor variedad de formas, tanto en estructura como en ornamentación, en sus vanos abiertos hacia el espacio atrial.

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Se caracteriza por tener Caracter defensivo.

Son de gran sencilles.

Tienen una espadaña como remate superior en su fachada o frontis.

Raramente tenían sus Templos Torres/ Campanario.

En su ornamentación posee un cordon torcido (cordón Franciscano) labrado en piedra o pintado que representa la orden austera.

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Los atrios o patios comprendían la mayoría de las veces grandes extensiones de terreno delimitadas por bardas de distintas formas y dimensiones.
Predominaron los muros altos y fuertes de mampostería o bien sillares procedentes en muchas ocasiones de los restos de templos prehispánicos.
Resaltan los grandes atrios de Huejotzingo, Cuauhtinchan o Huaquechula, Xochimilco, Tula (Hidalgo) y Tultitlán.

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Las primeras se levantaron de acuerdo con diferentes tipos de estructuras con presbiterio trapezoidal.
Como: las de Tepoztlán y Coixtlahuaca; capillas como las de Oaxtepec; de planta rectangular como la de Yautepec  y aún más interesante, la de Teposcolula con presbiterio semiexagonal y dos naves, así mismo fue común en los conventos del siglo XVI.

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En Oaxaca la tendencia fue la construcción de claustros con pilastras y contrafuertes hacia el patio.

Como: Coixtlahuaca, el convento de Antequera, Cuilapan y Oaxtepec.

Las galerías de los claustros en cada convento fueron cubiertas de diferente manera; con bóveda de cañón corrido, como en Tetela del volcán, Yoaxtepec y Yautepec; de viguerías, como Amecameca y Azcatpotzalco, y las que combina dos tipos de techumbre.

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Se pueden clasificar cuatro tipos de plantas en la zona mixteca zapoteca:

De una sola nave sin crucero:  Yanhuitlán, Yautepec, Amecameca, Tepoztlán, Azcatpotzalco y Chilmahuacan-Chalco.

La planta cruciforme:  Teposcolula y Oaxtepec.

Con capillas laterales como en Coixtlahuaca, el templo de Antequera y la segunda iglesia del convento metropolitano.

Las basílicas de tres naves, como Coyoacán, Cuilapan y Chiapa de Corzo.

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La más importante en la península era la de los predicadores de Santo Domingo.
Fueron construidos para llevar a cabo la misma labor que emprendieron los franciscanos y los agustinos:   la evangelización, el espíritu de cada orden, la zona de evangelización, el carácter de los constructores y la mano de obra indígena.