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Diversidad microbiana es un término amplio que puede aproximarse desde perspectivas muy diferentes. Esto incluye no solamente la diversidad filogenética, sino también la molecular, funcional y los mecanismos de actuación.

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Thermocoocus
Pyrodictium
Thermoproteus
Methanococcus
Methanobacterium
Methanosarcina
ExtremeHalophiles

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Dominio Eukarya: Es uno de los tres grandes linajes de células microbianas y fueron los ancentros de las plantes y animales.

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Dominio Eukarya: Es uno de los tres grandes linajes de células microbianas y fueron los ancentros de las plantes y animales.

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Está dividido en 10 reinos, los cuales son: Entamoeba, Hongos mucosos, Ciliados, Flagelados, Troomonádidos, Microsporidias, Diplomonadidas, Animales,Hongos y Plantas(estas últimas tres son macroorganismos).

Entamoeba:  Es patógena de humanos y puede causar disentería amebiana, una ulceración del tracto intestinal. Este parásito se transmite de persona a persona en fase quística por contaminación fecal de agua, alimentos o utensilios de cocina.

Hongos Mucosos: Se consideran protistas, porque son móviles y pueden desplazarse bastante rápidamente sobre superficies sólidas, estos se dividen en plasmodiales y celulares.

Ciliados: Estos tienen cilios que son estructuras que emplean para poder desplazarse. Los cilios pueden recubrir toda la célula o agruparse en mechones o filas, dependiendo de las especies. Los ciliados más conocidos son : Paramecium, emplea los cilios también para conseguir alimento. Son únicos entre protistas porque tienen dos tipos de núcleos: Micronúcleos y macronúcleos.

Flagelados: Sin cinetoplasto, son usados para el movimiento, aunque otros organismos pueden usarlos para otras funciones. Tienen un ciclo biológico simple con fases de quiste y trofozoito.

Microsporidia: Son un conjunto de hongos que son parásitos intracelulares de animales y algunos protozoos.

Diplomonadidas: Es un grupo de protistas flagelados, la mayoría parásitos.

Macroorganismos: Son organismos visibles con la ayuda de un microscopio.

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Son microorganismos que son similares a las bacterias en tamaño y simplicidad de estructura, pero radicalmente diferentes en la organización molecular. Ahora se cree que constituyen un grupo antiguo que es intermedio entre las bacterias y los eucariotas.

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La flora bacteriana constituye un componente esencial de las redes tróficas en los ecosistemas marinos, tanto en actividad como en cantidad de biomasa, contribuyendo a la regeneración de nutrientes e interactuando con una amplia gama de organismos.

*Bacterias verdes no del azufre
Chloroflexia o Chloroflexi, también llamadas bacterias verdes no del azufre, es la clase principal del filo homónimo Chloroflexi. Estas bacterias obtienen energía mediante fotosíntesis anoxigénica. Su denominación se debe a su pigmento verde (bacterioclorofila), que se encuentra asociado a los clorosomas.

*Bacterias grampositivas
Son aquellas bacterias que se tiñen de azul oscuro o violeta por la tinción de Gram

*Mitocondrias
Las mitocondrias son los orgánulos celulares que generan la mayor parte de la energía química necesaria para activar las reacciones bioquímicas de la célula. La energía química producida por las mitocondrias se almacena en una molécula energizada llamada trifosfato de adenosina

*Proteobacterias
Son uno de los principales grupos de bacterias. Incluyen una gran variedad de patógenos, tales como Escherichia, Salmonella, Vibrio, Helicobacter, Neisseria gonorrhoeae, la Burkholderia glumae y muchos otros.

*Cloroplasto: Los cloroplastos están rodeados por una membrana externa y además contienen una red the membranas internas llamadas 'tilacoides'. Los tilakoides pueden formar estructuras en forma de monedas apiladas llamadas 'grana'. Las clorofilas se encuentran embebidas dentro de las membranas de los tilacoides.

*Cianobacterias: Las cianobacterias, es un filo del dominio Bacteria que comprende las bacterias capaces de realizar fotosíntesis oxigénica.
*Bacterias verdes del azufre: Las bacterias verdes del azufre o Chlorobia constituyen un pequeño grupo de bacterias del filo Bacteroidetes​​ que realizan la fotosíntesis anoxigénica.​
*Thermotoga: Son gram negativos que reducen el azufre.
*Aquifer: Un acuífero es una capa subterránea de roca permeable que contiene agua , fracturas de roca o materiales no consolidados ( grava , arena o limo ). El agua subterránea de los acuíferos se puede extraer usando un pozo de agua .

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Thermococcus: es un género de archaeas termófilas perteneciente a la familia Thermococcaceae. Los miembros del género Thermococcus son típicamente especies cocoides de forma irregular, que varían en tamaño de 0.6 a 2.0 μm de diámetro.
Pyrodictium: En taxonomía,  es un género de plantas con flores perteneciente a la familia Pyrodictiaceae. Es un género de arqueas hipertermófilas submarinas cuyo rango óptimo de temperatura de crecimiento es de 80 a 105°C.  Tienen una estructura celular única que involucra una red de cánulas y células planas en forma de disco.
Thermoproteus: es un género de anaerobios que crecen en la naturaleza por reducción autótrofa de azufre. Al igual que otros hipertermófilos, Thermoproteus representa un ejemplo vivo de algunos de los primeros organismos de la Tierra, ubicados en la base de las Arqueas.
Methanococcus: es un género de metanógenos cocoides de la familia Methanococcaceae. Todos son mesófilos, excepto el termófilo M. thermolithotrophicus y el hipertermofílico M. jannaschii.
Methanobacterium: En taxonomía,  es un género de plantas con flores perteneciente a la familia Methanobacteriaceae. A pesar del nombre, este género no pertenece al dominio bacteriano sino al dominio arqueal (por ejemplo, carecen de peptidoglicano en sus paredes celulares). Las methanobacterium no son móviles y viven sin oxígeno.
Methanosarcina: es un género de arqueas euryarchaeote que producen metano. Estos organismos unicelulares se conocen como metanógenos anaeróbicos que producen metano utilizando las tres vías metabólicas para la metanogénesis.
Los halófilos: llamados así por la palabra griega para "amante de la sal", son extremófilos que prosperan en altas concentraciones de sal. Si bien la mayoría de los halófilos se clasifican en el dominio Archaea, también hay halófilos bacterianos y algunas especies eucariotas, como el alga Dunaliella salina y el hongo Wallemia ichthyophaga. Algunas especies bien conocidas emiten un color rojo de los compuestos carotenoides, especialmente la bacteriorodopsina.